Okunma: 4229 kez

Proteinler fiziksel yapilari itibariyle iki ana gruba ayrilirlar.Birinci grup " fibröz " proteinlerdir.Bu proteinler özellikle deri, tendon (kaslari kemige baglayan sert doku) ve kemik dokularda bulunur.Fibröz protein suda çözünmemekle birlikte fiziksel olarak oldukça dayanikli bir yapiya sahiptir.

Bunun yani sira proteinler 3 boyutlu yapilari itibariyle dört farkli konfigürasyonda bulunurlar.
Bu konfigürasyonlar sirasiyla ;

Primer
Segonder
Tersiyer
Kuaterner  yapilaridir.
1-) Primer yapi :

Bir proteinin primer yapisi yanlizca amino asit moleküllerinin yan yana gelip zincir olusturmalarindan ibarettir.

Sekildede gördügünüz gibi polpeptid zinciri yanlizca amino asit moleküllerinin yan yana dizilmesinden olusmaktadir.Yapida R harfiyle gösterilen bölge " Radikal " grubunu temsil ediyor olup amino asitten amino asite bu molekül grubu degismektedir.

Mesela Alanin amino asitinde R grubu CH3 yani metil grubudur.Fakat Iyodotronin amino asitinde metil grubunun yerini iyotlu bir bilesik alir.
2-) Sekonder yapi :

Segonder yapi, primer yapidan sonra gelen biraz daha kompleks bir yapidir.Bu yapi tipki DNA zinciri gibi heliks dönümleri yapar ki bu seklinede Alfa - heliks adi verilir.

Sekilde Alfa - heliks kivrilmasinin ilk asamasini görmektesiniz.Bu asamada zincir bükülmeye baslar ve COOH yani karbonil grubu ile NH' yani amino grubu arasinda H bagi olusmaya baslar.
 Bu bag fiziksel olarak kuvvetli bir bag degildir ve disaridan verilen isi veya fiziksel bir hareket ile koparilabilir.Kopmanin etkisiyle zincir yine eski düz halini almaya baslar.

Heliks yapisindaki bir zincirin enerji verilerek düz zincir haline gelmesi olayina " Denatürasyon " denir.Isi veya kimyasal etkiler ortadan kaldirilinca düz zincirin tekrar heliks yapisini kazanmasi olayina ise " Renatürasyon " denir.
Fakat proteinler yapilarinin bozulmasi için verilen isiya belli bir dereceye kadar tolerans gösterebilir.Yaklasik 60 derecenin üstünde bir sicaklik uygulanirsa protein denatüre olduktan sonra tekrar renatüre olamaz.

Zincir yukaridaki sekilde gösterildigi gibi kivrilmaya basladiktan sonra yandaki gibi heliks halini almaya baslar.
Proteinlerin önce düz zincir halinde olusmalari ve daha sonra heliks yapisini kazanmalari tamamen enzimatik kontrol altindadir.Eger üretilecek protein bir enzim olacaksa, enzimden enzim üretme gibi bir durum ortaya çikmaktadir.

Soldaki sekilde görülen yapi ise proteinin segonder formunun daha degisik bir sekli olan ve ß - tabakasi adi verilen bir konfigürasyondur.

Bu konfigürasyonda primer zinciri meydana getiren amino asitler heliks yapmak yerine kivrilmalar yaparak akordiyon gibi bir hal almistir.

Proteinler ayri ayri konfigürasyonlara sahip olabildigi gibi her iki konfigürasyona sahip proteinlerde vardir.Örnegin bazi proteinlerin % 70 ' i Segonder Alfa - heliks yapisindan, geri kalan % 30 ' nu ise segonder ß - tabakasindan meydana gelebilir.
3-) Tersiyer yapi :

Segonder yapiyi takip eden bu konfigürasyonda proteinin yapisi dahada kompleks bir hal almaya baslar.Tersiyer yapi ise, amino asitlerin yukarida belirttigimiz R (radikal) yan zincirleri arasinda meydana gelen baglar ile seklini kazanmaya baslar.

Tersiyer yapi segonder yapinin kivrilmis halidir.Segonder yapi içerisinde heliks düzeni ve beta düzeninin her ikiside bulunabilir.Hatta bunlara ilave olarak bazi bölgeler, primer ve
" Kangal " adi verilen daha degisik konfigürasyonlara sahip olabilir.

Protein zincirinin R yan molekülleri arasindaki baglar ise iyonik, disülfit, H bagi ve hidrofobik (su sevmeyen) baglari olabilir.

Proteinlerin yikimi :

polipeptid zincirleri çok uzun olup yikilmalari yine enzimler vasitasiyla olur.Peptid baglarini kiran enzim ise
" Peptidaz " enzimidir.

Proteinlerin ayrilma islemine ise " Hidroliz " denir.Protein zincirleri " Tam hidroliz " yada " Tam olmayan hidroliz " yoluyla parçalanirlar.Tam hidroliz islemiyle proteinler, kendilerini meydana getiren amino asitlere kadar ayrilirlar.Fakat tam olmayan hidroliz islemiyle proteinler belirli uzunluklarda kesilirler.

Sekilde tam olmayan hidroliz olayina bir örnek verilmistir.8 amino asitlik bir polipeptid zinciri, tam olmayan hidrolizle yikima ugratilarak biri 3 amino asitten, digeri 8 amino asitten olusan iki ayri zincire ayrilmistir.

Proteinlerin parçalanmasi ve sindirilmesi ise mide de gerçeklesir.Midede çalisan enzimler, ancak pH ' i 1 - 2 gibi çok asidik ortamlarda aktivite gösterebilirler.Bu yüzden mide çeperindeki özellesmis salgilama hücreleri pepsin adi verilen asit tabiatli bir sivi salgilar ki bu sivi mide sivisinin pH 2 ini enzimlerin çalisacagi noktaya, yani pH ' i
1 - 2 seviyesine kadar düsürür.

Mide bu derece güçlü asidik bir siviya yataklik yapmasina ragmen zarar görmez çünki mideye zarar gelmemesi için mükemmel bir sekilde önlem alinmistir.Yine mide çeperlerinde bulunan özellesmis salgi hücreleri, mukus adi verilen bir tür sivi salgilarlar.Bu sivi asitli ortam ile mide arasinda bir kalkan gibi ödev görerek mideyi korur.

Kaynak : Nature Genetics

Etiketler:  

Bilimler
Biyoloji
Proteinler

Sadece kayıtlı kullanıcılar yorum yazabilirler.
Lütfen hesabınıza giriş yapınız veya kayıt olunuz.

---