Doğada protenoid denilen oluşumlar yok. Milyarlarca canlının olduğu ortamda aa'lar olmaz; ama bizim bahsettiğimiz dünyanın ilk koşulları, yani hiç bir canlının olmadığı, gerek uzaydan gelen gerek yeryüzünde doğal olarak sentezlenen tonlarca aa molekül yığınları. Prebiyotik şartlarda aa çorbası olur.


Önceki iletimde yazdığım bu kısmı düzeltmek istiyorum, benim yanlış anlamam söz konusu. Laboratuvarlarda yapay olarak aa'lara farklı bağlar yaptırılmıyor, farklı şekillerde bağlanmıyorlar, peptid bağları yapabilmeleri için aktive ediliyorlarmış. Sonuç olarak aa'lar sadece peptid bağları oluşturuyorlar.

Yaptığın ihtimal hesabının doğru olmayacağını zaten yukarıda yeterince tartışmıştık. Doğada bir kaç bakterinin bir iki proteini dışında sağ elli aa'ların kullanıldığı yer, canlı olmadığına göre sağ elli aa'ların ihtimal hesaplarına katılamayacağını belirtmiştik. Açıktır ki milyarlarca yıl önce sol elli aa'lar seçilerek canlılarda baskın olarak kullanılmaya başlamıştır.
 
Bir de şöyle bir soru sorayım: Neden her aa çeşidi proteinlerde eşit yüzdeyle bulunmuyor da kimi aa'nın bulunma yüzdesi daha fazla? Mesela, proteinlerde Leucine aa'sının bulunma yüzdesi cystein aa'sının neredeyse 5 katı. Bu durumda bu iki aa'dan birisinin seçilimini nasıl 1:20 alabiliriz? Protein yapılara kaılma eğilimleri farklı değil mi?

Aktive edilmesinin nedeni istenen spesifik reaksiyonun gerçekleştirilebilmesi, istenen aa'nın yönlendirilebilmesi içindir. Hatta diğer aa'ların amin grupları deaktive ediliyor ki, reaksiyona katılmasın.

Ribozomlar konusunda da günümüz hücrelerinin kompleksliklerini düşünerek hareket etmeyelim. Ribozomlarda bir evrim geçirmiş ve şu an ki yapılarına kavuşmuşlardır. İlk ortaya çıkan hücrede ribozom olacak diye bir şart yok. Aminoasitleri birleştirip, peptid bağı yapmalarını sağlayacak bir katalizör yeterlidir. Bu katalizörün ribozim adı verilen bir enzim işlevi görebilen (ama protein yapılı değil, dikkat edelim) RNA enzimi olabileceği yönünde.

Ribozomların yapısına bakalım. Ribozomların büyük kütlesi rRNA ve proteinden oluşmasına rağmen, aktif olan bölgede (aa'ları birleştiren bölge) ise sadece rRNA bulunmakta. Yani ribozomun köken olarak, aslında ribozim denilen ve kimyasal tepkimeleri katalizleyebilen bir RNA molekülünden evrildiğini göstermekte. Yani RNA molekülü enzim olarak işlev görebiliyor.


23 aa'lık proteinler bile varken ilk hücrenin gerek duyduğu proteinlerin 44 aa kadar olduğunu hangi kaynaktan yararlanarak söylüyorsun, buna kanıtın nedir?

Tekrar ediorum, biyokimya yasalarının bir sonucu olarak bağ oluşumu meydana gelmekte, yaptığınız hesaplamaların hiç bir geçerliliği yok.

Denatüre olmuş bir protein mesela 3. aa ile 21. aa arasında gibi bir çok aa arasında meydana gelen zayıf kovalent bağlar neticesinde kıvrılarak tekrar 3 boyutlu konformasyonuna ulaşabilmektedir. Şimdi, bu protein 500 aa'dan oluşsa bu mantıkla bu iki aa'nın birbirini bulma ihtimalleri 500'de 1'dir; diğer bağlanmaları da katarsak işin içine büyük bir rakam çıkar; ama proteinler tek seferde, deneme yanılma yapmadan bu konformasyonlarına ulaşabilmektedir. Sizce 3 boyutlu yapıya ulaşabilme ihtimali ne kadardır?

Açıktır ki ihtimal hesaplamaları yapmamın hiç bir geçerliği yok burada.


Hayatın kökenine dair bilimsel bir cevap olmak zorunda, çünkü hiç bir şey şıp diye olmuyor, neyse konuyu farklı bir mecraya sokmayalım.

İletin sırf polemikten ibaret olduğu için pek cevap verilecek bir yanı yok, ne yazık ki.

Olasılık hesaplarının geçerli olduğu yerler vardır; ama sizlerin yaptığı ise bir önceki iletimde belirttiğim gibi alakasız yerlerle ilgili. Proteinlerle ilgili olasılık hesabı belirli sınırlar çerçevesinde bir yere kadar makuldur; ama olmadık şeyleri işin içine katarak sonuçları abartmaktan başka bir şey yapmıyorsunuz.

Sizin mantığınızla bir protein yukarıda da belirttiğim gibi 3 boyutlu yapısına asla kavuşamayacaktır; ama her ne hikmetse çok düşük ihtimali bir kerede gerçekleştirebilmektedir.

Bu arada ribozomlar gibi 44 aa'lık proteinlerde evrilmiştir, itiraz etmiyoruz ki.

İletilerindeki karşı tarafı aşağılamaların, seviyesiz üslubun sırf polemik yapmak için cevap verdiğini gösteriyor.

Proteinlerin nasıl katlandığı konusunda bilgin yoksa yaptığın yorumu kendine sakla. O örneği yaptığınız olasılık hesaplarının geçersizliğini anlatmak için verdim.

İtirazlarımızı, eleştirimizi (özellikle peptid bağları ve aa'ların L-D formları üzerine) söyledik kaç kere.

Üstteki iletilere bir bak bakayım neyi geçiştirdik? Birden aşağılayıcı bir tavır takınmaya başladın.

Sorumu yineliyorum.

Denatüre olmuş bir protein mesela 3. aa ile 21. aa arasında gibi bir çok aa arasında meydana gelen zayıf kovalent bağlar neticesinde kıvrılarak tekrar 3 boyutlu konformasyonuna ulaşabilmektedir. Şimdi, bu protein 500 aa'dan oluşsa sizin mantığınızla bu iki aa'nın birbirini bulma ihtimalleri 500'de 1'dir; proteinin kıvrılabilmesi için 20 tane bu tür zayıf interaksiyonların olduğunu kabul edersek yaklaşık olarak 10⁵⁰ de 1 gibi bir ihtimal çıkar karşımıza; yani protein asla 3 boyutlu yapısın akavuşamaz; ama proteinler tek seferde, deneme yanılma yapmadan bu konformasyonlarına ulaşabilmektedir.

Buna cevabımız sonsuz akıl deyip geçiveremeyiz. Sonsuz akıl sebeler dairesinde kendini gösterir (bu da inançlı bir insanın yorumudur; bilimsel değildir).

Sanırım anlatmak istediğimi anlatamıyorum. Bu örneği vermemdeki amacım moleküler düzeyde meydana gelen etkileşimlerin kendiliğinden oluştuğu ve bu yüzden ihtimal hesapları yaparken bunların hesaplanamayacağı, bu yüzden proteinin 3 boyutlu yapısına kavuşabilme ihtimali 10 üzeri 50 de 1dir in hiç bir anlamı olmadığı idi.

Nasıl ki bu bağlanmalar dizilimin doğal bir sonucu olarak kendiliğinden meydana geliyorsa, aa'lar bir araya gelirlerken de belirli özelliklerinin sonucu olarak kendiliğinden bağlanıyorlar, hatta birbirine benzer özellikleri olan aa'lar birbirlerinin yerini alabiliyorlar ve protein yapısında çok az değişiklik meydana geliyor ya da hiç gelmiyor.


Bu kısmı da düzeltelim. Amino asitlerin şekillerini muhafaza etmesiyle bir alakası yok. Denatürasyon sadece zayıf bağların kopmasıyla oluşuyor, protein düz bir zincir haline geliyor. Proteinlerin özel yapılarına kavuşmalarında kıvrımlar sadece aa şekilleri ile alakalı değil. Belirttiğim gibi 13. sıradaki ile 39. sıradaki aa etkileşime giriyorlar.

Bu konuyla ilgili olarak tartışılan peptid bağlarına ilişkin Bilim ve Teknik'ten bir cevap:

"Amino asitlerin yalnızca kendi aralarında yaptıkları bağların adı peptid bağları. Peptid bağlarıyla bir araya gelen amino asitler, proteinleri oluşturuyorlar. Ancak, amino asitlerin yaptıkları bağlar bununla sınırlı değil. Amino asitler kendi aralarında disülfit bağları* gibi özel bağlar ve bir takım kovalent olmayan* etkileşimler de yapabiliyorlar. Ayrıca başka moleküllerle bir araya geldiklerinde oluşturdukları farklar bağlar da var. Örneğin nükleotitlerle ya da su molekülleriyle yaptıkları hidrojen bağları."

* Kişisel notum: Sadece S (Kükürt) elementi içeren iki "Cysteine" aminoasiti arasında oluşan "disülfit bağları" ve diğer kovalent ya da kovalent olmayan bağlar proteinin 3 boyutlu konformasyonuna erimi sırasında oluşmaktadır.

Evrim Teorisi "Hayatın Nasıl çıktığı" ile ilgili olarak ortaya atılmış bir teori değil, türleşmenin ve canlı çeşitliliğinin nasıl gerçekleştiği üzerine savlanmıştır, yani ikisi ayrı konulardır.

Hayatın nasıl çıktığı "belirsiz" olsa da çalışmalar devam etmekte ve cevabının çok da kolay olmadığı büyük bir gerçek. "Hayatın kökeniyle" ilgili baskın görüş "Abiyogenez" teorisidir.