Anasayfa
|
Forum
|
Bilimler
|
Arşiv Tarama
|
GenKalem
|
Destek
|
Site Haritası
|
Linkler
|
RSS
|
Reklam
|
Arkadaşını Davet Et
|
İletişim
Anasayfa
Bilimler
Forum
Haberler
Sözlük
GenKampüs
Galeri
Kitaplar
e-dükk@n
Destek
İletişim
Anasayfa
Forum
Üye Ol
Şifre Hatırlat
_MYPMS_PROFILE_POPUP_ALERT
_MYPMS_POPUP_CNT
_INBOX
_MYPMS_CLOSE
GenForum - Bilimsel Forumlar - Türkiye Bilim Sitesi
|
Katagoriler
|
Evrim
(Moderatör:
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
) | Konu:
Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
Sayfa: [
1
]
2
3
4
Aşağı git
« önceki
sonraki »
Gönderen
Konu: Proteinler tesadüflerle mi oluştu? (Okunma Sayısı 2865 defa)
0 Üye ve 0 Ziyaretçi konuyu incelemekte.
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 378
Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
:
01 Nisan 2006 - 07:26:24 »
Evrim kuramı hiçbir zaman
proteinlerin günümüzde göründüğü biçimiyle bir anda ortaya çıktığını
savunmamıştır. Evrim kuramına göre canlılığın ilk yapı taşları basit organik moleküllerden oluşmuştur. Bunlar birden bire protein ya da hücre organelleri biçiminde karşımıza çıkmaz. İlk organik moleküller adım adım gelişmiş, farklılaşmış, karmaşıklaşmışlardır.
İlk organik moleküllerden proteinlere ulaşılması için milyarlarca yıl geçmesi gerekmiştir
. Ancak yaratılışçılar bunu bilmelerine rağmen
bu geçiş aşamalarını dikkate almaksızın
hep
"son ürün" üzerinden yola çıkarak bol sıfırlı hesaplamalar
yapmaktadırlar. Bu arada kasıtlı olarak, evrimcilerin,
proteinlerin birden bire oluştuğunu savunduklarını
iddia etmektedirler.
Şunu belirterek başlayalım. Canlılık için gerekli moleküler yapıtaşları (Atomlar molekülleri, moleküller daha büyük yapıları) kompleks molekülleri
tesadüfler sonucu değil, tamamen biyokimya kanunlarına bağlı olarak, kaçınılmaz bir şekilde oluşturur ve bu kanunlar çerçevesinde canlılık ilerler
.
Evet, şimdi olasılık hesaplamalarında yapılan hataları kısaca belirtmek gerekirse:
1- Yapılan hesaplamalardaki en büyük hata (yanıltmaca) hesaplamaların
günümüzdeki, modern, son halini almış proteinler (söz gelimi 500 aa'ık proteinler) üzerinden
yapılıyor olması. Yani tek bir adımda bugünki karmaşık yapıların oluştuğu düşünülerek hesaplamalar yapılmakta ve ihtimalin sıfır olduğu söylenerek yanıltma yapılmaktadır. Abiyogenez teorisi ise böyle bir iddia da bulunmaz. Çünkü ilkel dünyadaki ilk oluşan proteinler çok basit yapılıydılar ve kademe kademe gelişerek günümüzdeki son hallerine gelmişlerdir. Yani, proteinlerden önce oluşmuş daha basit yapılı, bir kaç çeşit (8 yada daha az) aa'dan oluşan öncü protein yapısında moleküller oluşmuş ve bunların kademe kademe gelişimi, aa sayılarını zamanla artırmalarıyla günümüzdeki kompleks protein yapılarına ulaşmışlardır (1).
2- Proteinlerin sabit, kesin değişmez bir yapıları var olduğu kabul edilerek hesaplamalar yapılıyor. Ama, proteinlerin öyle bölgeleri vardır ki, bu bölgelerdeki hemen hemen bütün aminoasitler başka amino asitlerle değişim geçirse bile protein yapısında bozukluk meydana gelmiyor, protein stabil (kararlı) konformasyonunu koruyabiliyor.
3- Yapılan hesaplamalar arkadaşımızın yazısında da bahsettiği gibi ardıl sıra havaya atılan paraların yazı tura gelmesi ihtimalindeki gibi düşünülerek hesap yapılmakta ve büyük bir yanıltma daha yapılmaktadır.
Şimdi, diğer bir başlık altında arkadaşımızın yapmış olduğu eleştiriler üzerinden konuyu anlamaya çalışalım.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
...tek bir proteinnin nasıl oluştuğunu sorguluyoruz. Ve dedik ki elimizde yeterince her çeşit amino asitten bulunsun.
Amino asitler sol elli olmalı
Evet, canlı organizmalara baktığımızda hemen hemen hepsinin sol elli aa'ları kullandıkları görülmektedir (İstisna olarak
sağ elli aa'ları
da
kullanan bakteriler vardır (1) ve bu kullanılacak aa'ların ille de sol elli olmaları gerektiği konusundaki iddayı çürütmektedir). Ayrıca, canlılarda kullanılan en basit aa olan Glisinin ne sol ellilik ne de sağ ellik özelliği bulunmamaktadır.
Peki genel olarak bakıldığında canlı bünyelerde neden sol elli aa'ların baskınlığı bulunmaktadır? Bunun basit nedeni seçilimdir, tesadüfler değil. Çünkü sol elli aa'ları daha çok kullanmayı yeğlemiştir ve seçilime uğratmıştır. Çünkü
doğa tasarruf etmekten yanadır ve genelde en az enerji formunu tercih eder.
Moleküler yapılardaki zayıf kuvvetin etkisi
birbirinin izomeri (ayna görüntü) olan moleküllerde farklıdır
. Bu bir molekül için çok ufak bir farktır, ama
moleküller bir araya gelince etki büyür
. Yani, bir molekülün reaksiyona girerken veya suda çözünmüş bulunurken moleküler bağ yapma yeteneğii ve belli bir konfigürasyonda dururken
gereksiz olan enerji onların doğa tarafından seçilmelerini sağlamaktadır
. Amino asitletlerin L (sol elli) ve D (sağ elli) formları arasındaki
enerji farkı çok az da olsa
, yapılan hesaplara göre
en az enerji ile durabilen izomer, yaklaşık 100 bin yılda doğada % 98 olasılıkla baskın bulunan izomer formunu
oluşturacaktır (1).
Bir ihtimal, ilk koşullarda, şu anda bilmediğimiz ve ilk dünya koşullarında var olan ve sol elli amino asitlere bağlanamayan herhangi bir X maddesinin özellikle sağ elli amino asitlerle birleşerek çözünmeyen bileşik oluşturması ve onları göl veya okyanus dibine çökertmesidir.
Bu ise sol elli amino asitlerin bir anda doğal seleksiyonla artmasını ve doğada daha fazla kullanılabilir hale gelmesini çok kolay sağlayabilir.
Ayrıca belirtmek gerekirse, 1993'te John R. İronin uzaydan gelen meteoritlerde ve donmuş tozda daha fazla sol elli aminoasitlere rastlandığını ispatlamıştır (2), ve bu da dünyada varolan ve aa'larla reaksiyona giren maddelerin zamanla sol elli amino asitleri tercih etmesini sağlayabilir (Konuyla ilgili ayrıca makaleler için 3, 4'e bakınız).
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Amino asitler arasında peptit bağı oluşmalı
??? Amino asitler arasında peptit bağı oluşmalı da ne demektir, tabiki peptid bağı oluşmaktadır, bu neden ihtimal hesaplarına dahil edilmektedir ? Konu hakkında bilgisi olmayan kişileri yanıltma adına ihtimal sonucunu abartma pahasına yapılmış bir yanılgıdır.
Bu iddia şuna benzemektedir: Su molekülleri arasında mutlaka "Hidrojen Bağları" bulunmalıdır. İki H
2
O molekülü rasgele hareketleri sonucunda birbirlerine yaklaştıklarında aralarında bir elektrostatik kuvvet, bir H bağı oluşur, başka herhangi bir bağ -mesela peptit bağı, ester bağı, glikozit bağı- değil.
İki aa bir araya geldiklerinde de dışarılardan bir yerlerden diğer bağlardan farklı, özel bir peptid bağı gelip aralarına girmemekte, bu iki aa birbirlerine yaklaştıklarında (nasıl ki su molekülleri hidrojen bağlarını oluşturuyorsa) aralarında bir etkileşim, çekim kuvveti oluşuyor ve bağ oluşumu gerçekleşiyor, meydana gelen bağın adına da "peptid bağı" diyoruz.
Sizin hesabınızla bir hesap yaparsak 1 milyon tane su molekülü ille de Hidrojen bağını kurmaları gerektiğinden bir araya gelip bir damlacık su bile oluşturamaz, ama su içmekteyiz. Kesin sayısını bilmiyorum; ama en az 10 çeşit bağ türü var olduğunu tahmin ediyorum. O zaman iki basit su molekülünün oluşma olasılığı 10'da 1'dir. 500 su molekülü için korkunç bir rakam çıkar (10
500
de 1) ve biz asla su içemeyiz.
Bir de buna tek bir H
2
O molekülünün ve trilyonlarcasının tek tek, ayrı ayrı oluşma olasılığını hesaba katarsak oluşma ihtimalinin 0 çıkmasından dolayı sonsuza dek susuz kalırız. H bağı hem kovalent hem de iyonik bağ yapabilmektedir. Bu durumda tek bir su molekülü oluşurken mutlaka kovalent bağ kurulması gerektiğinden, bağın kurulma olasılığı %50'dir, bu durumda milyonlarca sayıdaki su moleküllerinin oluşma olasılığı 0 olduğu aşikardır. Yaptığım bu hesabın hiç bir değeri olmadığı açıktır ve boştur. Yapılan çarpıtmayı, anlatmak istediğimi umarım anlatabilmişimdir. Oluşan bağ çeşidinin olasılık hesabına katılması söz konusu olamaz.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Amino asit dizilimi belirli bir düzüen içinde olmalı.
İlk oluşan aa zincirleri (7-8 çeşit aa'lık) çok basit yapıda olmalarından her oluşma olasılıkları var. Katrilyonlarca
olası
aa zincirler yapıları arasından kararlı olabileni oluşuyor ve bir düzen oluşturuyor ve günümüze kadar sürecek olan süreç başlıyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
İlk şartı ele alırsak ortamımızda hem sol hem sağ elli amino asitler bulunacaktır. Tek bir sağ elli amino asit zincire eklendiğinde protein işlevszi kalacak ve "ilk proteinin" oluşumunda başa dönülecektir. Örneğin 100 amino asitin doğru şekilde eklendiği zincir işlevsiz kaldığı için başka bir zincir oluşmalı. Tabi sağ elli amino asit yapıdan her hangi bir şekilde ayrılırsa zincir tekrar devam edebilir. Ne var ki sağ veya sol elli amino asitin zincire eklenme olasılığı %50 dir.
Günümüzdeki protein yapılarının oluşumlarına bakarak düşünülüyor. Oluşan kombinasyonlar sırayla olmuyor, aynı anda milyonlarca molekül bir araya gelerek etkileşime girmekte kararlı yada kararsız yapılar oluşuyor, kararsızlar hemen bozuluma uğruyor. İlk yeryüzü şartlarında sağ elli aa'lardan meydana gelen zincirler de oluşmuş olabilir; ama yukarıda da belirttiğim gibi bu zamanla sol elli aa'ların prevelansı (yaygınlığı, baskınlığı) artmıştır.
Yapılanma 100 aa ile başlamıyor, ata ferrodoksin proteini bile 23 aa'ya sahip, ilk oluşan proteinimsi yapıların basitliğini siz düşünün. Ayrıca
reaksiyona girme ihtimali çok düşük, belkide olmayan yapıları bir araya getirmeye
çalışıyorsun. 100 sol elli aa'lık bir zincir zaten kararlı bir yapı oluşturmuştur ve sağ elli bir aa'nı bu yapıya katılması çok düşük. Atomların, moleküllerin spesifik birleşme eğilimleri vardır. Böyle bir hesapta yapılamaz ve bu yüzden düşer. Örneğin, H atomunun ortamında bulunan F, Cl, He atomlarıyla bağ yapma eğilimi farklıdır. Buna bağlı olarak F'nin, Cl'nin ve He'nin seçilme olasılığı 1:3'tür diyemeyiz. He'nin bağ yapma ihtimali 0, F ve Cl atomlarının ise 1:2 de değildir. Bu tip ilişkiler her nedense hep göz ardı ediliyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
"Proteinlerin oluşmasında bu bağların önemi ilk kez 1902 yılında Hofmeister ve Fisher tarafından ortaya çıkarıldı. Bu iki araştırmacı bu özel bağın varlığını ortaya çıkarmak için "biuret" olarak anılan bir test uyguladılar.
8(- Prof. Dr. Engin Gözükara, İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyokimya Ana Bilim Dalı Başk., Biyokimya, Nobel Tıp Kitabevleri 1997, Üçüncü Baskı, Cilt1. s.123-124)
Bu testin sonucunda proteinlerde görev alan özel bir bağın varlığını tespit ettiler.
HY'nin yapmış olduğu ilişkisiz bir alıntı daha. Fischer, aminoasitler üzerine yaptığı çalışmalarda aa'lar arasındaki amid bağlantısı, aa'lara özgü bağın yapısını açıklamış ve bu bağa "peptid bağ" ismini vermiştir. Nükleotitler arasındaki zayıf H bağlarının belirlenmesi gibi tarihi açıdan önemli bir çalışmadan ibaret.
Bütün bunlar polipeptidlerin oluşma olasılığının havaya atılan madeni paralrın gelme olasılığıyla bir tutulamayacağı ortadadır.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Bir diğer sorunsa proteinlerin nerede oluşacağıdır. Peptit bağı su veren reaksiyon olduğu için su içerisinde gerçekleşemez. Eğer suyun dışarısına alırsanız "soğuk tuzak" etkisini yok etmiş olursunuz ve dünyanın o dönemki atmosferi amino asitleri parçalar. Bu durumda imkansızlığı pekiştirir. Sayısal olarak anlamlı bir kaç amaino asitten oluşan bir zincir bile oluşamaz. Tüm bunlar proteinlerin doğada kendiliğinden oluşmadığının göstergesidir.
Dehidrasyon yani ortamdan suyun çıktığı reaksiyonların sulu ortamlarda gerçekleşmez; ama suyun az olduğu ortamlarda bu reaksiyonlar gerçekleşebilmektedir. Peki, prebiyotik ortamda bunun sağlandığı yerler olabilir mi? Doğada örneğin siyanamid (H2N---C=N) ve polifosfat gibi yoğunlaştırıcı ajanların ki, polimerizasyon işlemini oldukça kolaylaştırdığı deneysel olarak belirlenmiştir, maddeler bulunmaktadır. Bunun dışında güneş veya volkanik faaliyetler sonucu küçük su havuzlarındaki suyun buharlaşması ile böyle bir ortam meydana gelmiş de olabilir. Hatta son yıllarda yapılan araştırmalar kil, pirit (FeS2) ve bazalt türü camsı yapıların su çıkaran reaksiyonlarda polimerizasyon için yüzey görevi üstlenmeye aday ortamlar olabileceklerini ortaya koymuştur. Bütün bu maddeler dünyamızın ilk yıllarında da, bugünkü gibi ortamda bol miktarda bulunmaktaydı.
1- "Obcells as proto-organisms: membrane heredity, lithophosphorylation, and the origins of the genetic code, the first cells, and photosynthesis", Makale için Web sitesi :
(Link 1)
2- "Major bacterial contribution to marine dissolved organic nitrogen", Makale için web sitesi :
(Link 2)
3- "Life's Far-Flung Raw Materials", Makale için Web sitesi :
(Link 3)
4- "Isotopic evidence for extraterrestrial non-racemic amino acids in the Murchison meteorite", Makale için web sitesi :
(Link 4)
5- "Does life's handedness come from within?", Makale için web sitesi :
(Link 5)
«
Son Düzenleme: 01 Nisan 2006 - 19:17:37 Gönderen: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
»
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #1 :
01 Nisan 2006 - 08:10:28 »
İhsan Esentürk:
Alıntı
Kendi yazından yaptığın alıntıyı daha önce okumuştum. Ancak her hangi bir delil yada açıklama yok. Muğlak ifadeler var. "Dallanmanın" bir noktasında proteinler oluşur. Ve proteinler oluşmaksızın canlı organizmanın oluşmasını beklemek hata olur. Burada hücre zarından bahsetmedik sadece tek bir proteinnin nasıl oluştuğunu sorguluyoruz. Ve dedik ki elimizde yeterince her çeşit amino asitten bulunsun.
Amino asitler sol elli olmalı
Amino asitler arasında peptit bağı oluşmalı
Amino asit dizilimi belirli bir düzüen içinde olmalı.
Bu üç şart gerçekleştiğinde ilk mikro organizmayı oluşturacak proteinlerden biri oluşacaktır.
İlk şartı ele alırsak ortamımızda hem sol hem sağ elli amino asitler bulunacaktır. Tek bir sağ elli amino asit zincire eklendiğinde protein işlevszi kalacak ve "ilk proteinin" oluşumunda başa dönülecektir. Örneğin 100 amino asitin doğru şekilde eklendiği zincir işlevsiz kaldığı için başka bir zincir oluşmalı. Tabi sağ elli amino asit yapıdan her hangi bir şekilde ayrılırsa zincir tekrar devam edebilir. Ne var ki sağ veya sol elli amino asitin zincire eklenme olasılığı %50 dir.
"Proteinlerin oluşmasında bu bağların önemi ilk kez 1902 yılında Hofmeister ve Fisher tarafından ortaya çıkarıldı. Bu iki araştırmacı bu özel bağın varlığını ortaya çıkarmak için "biuret" olarak anılan bir test uyguladılar. 8(- Prof. Dr. Engin Gözükara, İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyokimya Ana Bilim Dalı Başk., Biyokimya, Nobel Tıp Kitabevleri 1997, Üçüncü Baskı, Cilt1. s.123-124) Bu testin sonucunda proteinlerde görev alan özel bir bağın varlığını tespit ettiler.
Peptid bağını diğer bağlardan ayıran en önemli özellik, ısıtılarak veya buna benzer yollarla çok çabuk çözülmemesidir. Peptid bağ ancak yüksek ısıda, uzun süre kuvvetli asit ya da bazlara maruz kaldığında çözülebilir. Proteinlerin sağlam ve dayanıklı olmalarını da işte bu peptid bağ sağlar.
Bu özel bağın kurulabilmesi için bir amino asitteki karboksil grubunun (yani içinde karbon, oksijen, hidrojen atomlarının bulunduğu özel molekül) diğer amino asitteki amino grubuyla (içinde nitrojen ve hidrojen atomları bulunan özel bir molekül) birleşmesi gereklidir. Bu şekilde protein zinciri boyunca bağlantı yerlerinde önemli bir denge kurulmuş olur. Protein moleküllerinin % 80 kadarından fazlasını oluşturan bu bağın meydana gelmesi sırasında su açığa çıkar.Bu özel bağın kurulabilmesi için bir amino asitteki karboksil grubunun (yani içinde karbon, oksijen, hidrojen atomlarının bulunduğu özel molekül) diğer amino asitteki amino grubuyla (içinde nitrojen ve hidrojen atomları bulunan özel bir molekül) birleşmesi gereklidir."
http://www.harunyahya.org/bilim/hy_protein_mucizesi/protein1.html#8
Buradki bilgilerde Harun Yahya'dan. Şimdi pettit bağı oluşma ihtiamlinide göz önün alırsak olasılık biraz daha küçülmekte.
En son dizlimi de hesaba katarsanız 10^960 farklı ihtimal görünmekte ve bunlardan sadece biri istenilen proteindir. Nötr mutasyonlar konusunda değindiğimiz gibi proteinin varyantlarınıda göz önüne alırsak pay büyüyecektir. Ne var ki payda çok büyük olduğu için sonuç değişmeyecek ve yine sonuç "sıfır" çıkacaktır. Dikkat ederseniz bu dizilimin oluşma ihtimalidir. Zaman içermeyen bir olasılık hesabıdır.
Burdada yapılan hesaplamayı ard arda atılmış 1000 paranın belirli bir sırada yazı veya tura gelme ihtimali olarakta alabilirsiniz.
1. Y 2.T 3.T 4.Y 5.Y 6.Y 7.T .... gibi belirlediğimiz bir sırayı takip etmesi için bir parayı ard arad atalım ve karşılaştıralım. Bu işelemi isterseniz günde yanlızca bir tışla veya saniyede bin atış yapabilecek bir programla gerçekleştirebilirsiniz. Dizilimin oluşma ihtimalini ele aldığınız için zaman sonuca etkimez. Aynı şekilde Proteinler içinde bir anda yada milyar yılda oluşmaları sonucu değiştirmez. Yapılan hesaplama bir anda değil her hangi bir şekilde her hangi bir zaman diliminde oluşma ihtimaline aittir sonuç görüldüğü gibi her halukarda "0" çıkar.
Bir diğer sorunsa proteinlerin nerede oluşacağıdır. Peptit bağı su veren reaksiyon olduğu için su içerisinde gerçekleşemez. Eğer suyun dışarısına alırsanız "soğuk tuzak" etkisini yok etmiş olursunuz ve dünyanın o dönemki atmosferi amino asitleri parçalar. Bu durumda imkansızlığı pekiştirir. Sayısal olarak anlamlı bir kaç amaino asitten oluşan bir zincir bile oluşamaz. Tüm bunlar proteinlerin doğada kendiliğinden oluşmadığının göstergesidir.
Farklı bir konu başlığı açmak yerine burada tartışmak istedim çünkü sizin iddialarınızın hemen altınbda yer alaması gerçeğin analaşılması açaısından daha anlamlıydı. Yapılan "incelemenin" nedenli sağlıklı ve objektif olduğu ortaya çıksın istedim.
İhsan Esentürk:
Alıntı
Çünkü kimyada Le Chatêlier Prensibi olarak bilinen kurala göre, açığa su çıkaran bir reaksiyonun (kondansasyon reaksiyonu) su içeren bir ortamda sonuçlanması mümkün değildir. Sulu bir ortamda bu çeşit bir reaksiyonun gerçekleşebilmesi, kimyasal reaksiyonlar içinde "oluşma ihtimali en düşük olanı" olarak nitelendirilir.
Dolayısıyla evrimcilerin hayatın başladığı ve amino asitlerin oluştuğu yerler olarak belirttikleri okyanuslar, amino asitlerin birleşerek proteinleri oluşturması için kesinlikle uygun olmayan ortamlardır. 73
Öte yandan, evrim savunucularının bu gerçek karşısında iddialarını değiştirip, ilkel hayatın karalarda oluştuğunu öne sürmeleri de imkansızdır. Çünkü ilkel atmosferde oluştukları var sayılan amino asitleri ultraviyole ışınlarından koruyacak yegane ortam denizler ve okyanuslardır. Amino asitler karada ultraviyole yüzünden parçalanırlar. Le Chatêlier Prensibi ise denizlerdeki oluşum iddiasını çürütmektedir. Bu da evrim teorisi açısından tam bir ikilem oluşturmaktadır.
73- Kimyacı Richard E. Dickinson bunun nedenini ?öyle açıklar: "Eğer protein ve nükleik asit polimerleri öncül monomerlerden oluşacaksa polimer zincirine her bir monomer bağlandığında bir molekül su atılması şarttır. Bu durumda suyun varlığının polimer oluşturmanın aksine ortamdaki polimerleri parçalama yönünde etkili olması gerçeği karşısında, sulu bir ortamda polimerleşmenin nasıl yürüyebildiğini tahmin etmek güçtür." (Richard Dickerson, "Chemical Evolution", Scientific American, Cilt 239:3, 1978, s. 74.)
(
http://www.harunyahya.org/bilim/hy_protein_mucizesi/protein4.html#73
. )
Kusura bakma Halim Çalışmanı bölmüş oldum. Sen yeni başlık açtığında bu iletileri oraya aktaracağım.
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 378
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #2 :
01 Nisan 2006 - 09:56:39 »
Alıntı sahibi: mehmet ŞAHİN
herşeyi anladım. ama protein sentezinin neden susuz ortamda gerçekleşmesi gerektiğini anlamadım. stoplazmada , mitokondri matriksi , stromalarda gerçekleşen bir olay değil mi? bu konuda bizi aydınlatırsan sevinirim..
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk üzerinde 01 Nisan 2006 - 07:27:25
Çünkü kimyada Le Chatêlier Prensibi olarak bilinen kurala göre, açığa su çıkaran bir reaksiyonun (kondansasyon reaksiyonu) su içeren bir ortamda sonuçlanması mümkün değildir. Sulu bir ortamda bu çeşit bir reaksiyonun gerçekleşebilmesi, kimyasal reaksiyonlar içinde "oluşma ihtimali en düşük olanı" olarak nitelendirilir.
Dolayısıyla evrimcilerin hayatın başladığı ve amino asitlerin oluştuğu yerler olarak belirttikleri okyanuslar, amino asitlerin birleşerek proteinleri oluşturması için kesinlikle uygun olmayan ortamlardır. 73
73- Kimyacı Richard E. Dickinson bunun nedenini ?öyle açıklar: "Eğer protein ve nükleik asit polimerleri öncül monomerlerden oluşacaksa polimer zincirine her bir monomer bağlandığında bir molekül su atılması şarttır. Bu durumda suyun varlığının polimer oluşturmanın aksine ortamdaki polimerleri parçalama yönünde etkili olması gerçeği karşısında, sulu bir ortamda polimerleşmenin nasıl yürüyebildiğini tahmin etmek güçtür." (Richard Dickerson, "Chemical Evolution", Scientific American, Cilt 239:3, 1978, s. 74.)
(
http://www.harunyahya.org/bilim/hy_protein_mucizesi/protein4.html#73
. )
Le Chatêlier Prensibi ismi üzerinde prensip, yasa değil. Ayrıca alıntı yapılan yazıda sulu bir ortamda polimerleşme olamaz, imkansızdır denmiyor, "
sulu bir ortamda polimerleşmenin nasıl yürüyebildiğini tahmin etmek güçtür
", yani sulu ortamlarda dehidratif reaksiyonlar gerçekleşiyor, yoksa Mehmet arkadaşımızın ilettiği mantıklı sorularda olduğu gibi vücudumuzda gerçekleşen hayati önemdeki reaksiyonlar hiç bir zaman gerçekleşmezdi, bunun cevabını da iletinde verdiğini göremiyorum. Bu durumu da açıklarsanız sevinirim.
«
Son Düzenleme: 01 Nisan 2006 - 10:04:42 Gönderen: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
»
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #3 :
01 Nisan 2006 - 10:01:21 »
Arkadaşlar kusura bakmayın diğer başlıktaki ileteileri buraya taşıdım ama deiğerlerini silemedim. İleti sırası karıştığı için ard arad iki ileti yer alacak. Bu durum için özür dilerim. :utangac:
Şimdi örneklerimize bakalım. Para örneği daha önce belirlenmiş sırada olyların gerçekleşme ihtimalini ifade der. Proteinler için bu "belirlenmişlik" işlevsel olmalarından kaynaklanır. Her hangi bir protein istenileni gerçekleştiremez. Bu nedenle aradığınız bir veya varyasyonlarıyla birlikte bir kaç tanedir. Burada işlevsel olan ve daha sonra ilk canlı hücrede görev alacak olan bir proteinin oluşma ihtimalini tartışacağız. Para örneğimizi açarsak daha önce belirlediğimiz ve hangi basamakta ne geleceği belirli bir sıraya göre atılan paraların doğru sırada Yazı ya da Tura gelme ihtimaliyle belirli bir sırada dizilmiş olan amaino asitleri (aa) benzeştireceğiz. Atış işlemi zincire bir aa bağlanmasına karşılık gelip isterseniz atışı günde bir yolda bir veya salisede bir yapabilirsiniz. Bu proteininizin hemen ya da milyar yılda oluşmasına tekabül eder. Görüldüğü gibi paraların hepsi aynı anda atılmamaktadır. Ve iddia edilenin aksine burada yapılan hesaplama bir anda değil her hangi bir şekilde raslantısal olarak oluşma ihtimalidir. Dilersek atış sırasınıda raslantısal olarak belirleye biliriz. 1 ila 1000 arasında bir sayıyı yanlızca bir kez seçerek o basamağa ne geldiğini yazabiliriz. Aynı zamanda atışları guruplamakta mümkün. Beşerli guruplar halindeki atışları bir birine ekleyerekte hatta 200 gurubun kombinasyonlarıylada ilgilenebiliriz. Bu da Halim'in belirtiği çeşitli sayılardaki aa zincirlerinin birleşmesine tekabül eder. Burad tekrar vurgulamak isterim ki bu hesaplamalar zamandan bağımsızdır. Oluşan fonksiyonda zamanın etkisi yoktur. Nasıl paranın Y yada T gelmesi bizim isteğimiz dışındaysa aa nın dizilimide istem dışıdır. Bütün ihtimaller olabilirlik sınırları içindedir. Şimdi arkadaşımız 500 dizimlik aa zincirini fazla bulmakta. Oysa ilk hücrede böyle bir protein var olmuş olabilir. Her protein canlı oluşturmaz. Bunlar özel yapılardır bu nedenle bu noktada her hangi bir protein canlıda bulunmuş olabilir tarzı bir yaklaşım yanlıştır. Canlllığı sağlayacak mekanizmalar vardır ve bunlar amaca yöneliktir. Raslantısal evren modelinde olduğu gibi burada da amaçsızlaştırma var. Ancak bu yaklaşım gerçeği yansıtmamakta. Doğada 200 aa var ve bunlardan 20 tanesi canlılarda bulunuyor. Biz ortamda yanlızca 20 çeşit aa nın sağ ve sol ellileriyle birlikte var olduğunu hesaba katıyoruz. Diğer taraftan sağ elli veya sol elli olmasını aa sayısını 40 alarakata hesaba katabiliriz. Bu da aynı etkiyi yapar. Sonuçta L ve D aa lar bir birinden farklı.
Şimdi gelelim peptit bağına. Verdiğim para örneğini "basitleştirme" olarak gören arkadşımnızn su örneğini vermiş olması büyük talihsizlik. Oksijen ve Hidrojen arasında yanlızca tek bağ oluşabilir. Ancak aa lar arasında birden fazla bağlanma şekli var. İki, H atamu arasında fark olmadığı için ve yanlızaca o atamu bir yerde buluna bileceği için 1x1x1 =1 dir.( H+O+H) O+H+H gibi bir sıralama mümkün değil. Ayrıca yöne bağlı özellik yok. Sağdan yada soldan okumaya başlamanız sonucu değiştirmez. H atomu iyonik bağı metallerle yapar oksijen ise ametaldir ve sadece kovalent bağ yapabilir. Örnekğin geçersizliğini ortaya koyduktan sonra Fox deneyinin gösterdiği gibi peptit bağı oluşmaması durumunda protein değil
"protenoidler"
oluşur ve bunlar canlılar için anlmasız bileşiklerdir. Bu nedenle peptit bağı oluşumunda hesaplara dahil edilmesi gerekir.
Hesaplarda kullanılan zincir uzunluğu hakkında yapılan yorumda sanki canlılık çok küçük dizilimlerle başlamış gibi davranılmakta, ve gereksiz bir itirazda bulununmakta. Oysa açıktırki ilk canlıda bile büyük protein molekülleri bulunabilir.
Şimdi gelelim su veren reaksiyonun nasıl oluşacağına. Okyanus diplerini miller deneyindeki "soğuk tuzak"'ın yerine koyup sonra burada protein sentezliyemezsiniz. Dışarı çıkartsanız ortam şartları parçalar aa ları. Sıcaklık etkisiyle suyu buharlaştırsanız yüksek sıcaklık aa ları yok eder. Geriye sadece bu reaksiyonu geliştirebilecek ortamların deniz diplerinde oluşması kalıyor. Zorlamalarla bu ortamlar oluşturulsa dahi asıl zorluk olan aa diziliminin imkansızlığı ortada. Tüm bunlar bize protein diziliminin doğal şartlarda kimya yasalarıyla oluşamıyacağını gösteriyor. Ve evrim başlamadan çöküyor.
Yeri gelmişken burada belirtmek istiyorum evrimi savunanların oluşturmatya çalıştığı imaja rağmen malesef evrim hipotezi tüm bilim çevrelerince kabul edilen bir olgu değildir. Akıllı tasarımın savunucularından Prof. Michael Behe, "100 amino asit uzunluğundaki bir proteinde uygun bir dizilim elde etme ihtimalinin, gözleri kapalı birinin Sahra Çölü'nde, işaretlenmiş tek bir kum tanesini bulma ihtimalinden bile çok daha az olduğunu söyeler" Matematik imkansız dediğine göre söylenecek söz kalmamıştır sanırım.
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 378
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #4 :
01 Nisan 2006 - 18:41:39 »
Genel olarak baktığımda aynı iddiaları devam ettirmişsin, yazı tura gelme olasılıklarıyla proteinlerin meydana gelmelerini bir tutamayacağımızı yukarıda belirtmiştim.
Şöyle de bir örnek vereyim:
Belirlediğimiz
bir Yazı-Tura sırası elde etmeye çalışalım ve 5 sn.de bir atış yapalım. Dizimiz YYYY olsun. Bir denemede sırayı tutturma olasılığımız 1:16'dir. Peki bu ne anlama gelmektedir? Ancak 16 atış yaptıktan (320 sn./5 dk.) sonra bu sırayı elde edebiliriz mi demektir, hayır! Açıktır ki bu sırayı herhangi bir (10, 5, 7, 13) denemede hatta ilkinde elde edebiliriz.
Şimdi de aynı anda yazı-tura atan 16 kişinin YYYY dizilimini elde etme olasılıklarını düşünelim. "Belirli dizimizi" elde etme süremizin kişi sayısı, dolayısıyla aynı zaman diliminde sonuçlanan kombinasyon sayısı fazlalaşacağından çok çok kısalacağı çok açıktır (20 sn.). Denemeleri yapacak kişi sayısı arttıkça süre çok çok çok kısalacaktır. İşte bunun gibi yeryüzündeki milyarlarca molekülün birbirleriyle etkileşime girerek milyarlarca kombinasyonu eş zamanlı olarak gerçekleştirebileceği bir durum var.
1 ton aminoasitte yaklaşık olarak 10
27
aa molekülü vardır. Olasılık hesabına katılmaması gereken bir çok durumu da kattığımızı kabul ettiğimizi varsaydığımızda bile, elde bulunan milyarxmilyarxmilyar sayıdaki aa moleküllerinin simultane denemeleriyle 50 aa'lık bir protein zincirinin çok çok çok kısa bir süre içerisinde (bir kaç yıl düzeyinde) oluşabileceğini öngörebiliriz (1, 2).
500 aa asitli bir proteinin açık bir şekilde ilk hücrede bulunabileceğini söylemişsin, buna deliliniz nedir? Böyle bir protein ancak günümüz canlı hücrelerinde, protein yapılarında olabilir. Lütfen 500 aa üzerinden hesaplamalar yapmayalım. Çok eski bir geçmişe sahip Ferrodoksinlerin ilk formlarının sadece 23 aa'dan olduğunu belirtmiştim.
Sürekli olarak günümüzden bakılarak gelişmeler düşünülüyor. Yaşam için gerekli maddeler, mekanizmalar A, B, C, D...ler arasından mesela B, E, G ile başlamış devam ederek günümüze gelmiştir. Ne yazık ki biz de günümüzden geçmişe bakarak ille de B ile başlamak, olmak zorundadır diyoruz. C, H, K baskın gelseydi olaylar farklı şekilde gelişecek, farklı durumlar için farklı mekanizmalar gerçekleşecekti. Gerçekleşemeyeceğini nasıl iddia edebiliyoruz? Koskoca evrende yaşamın oluşabileceği milyarlarca uygun gezegen var, o gezegenlerde belkide farklı şekillerde çıkmış, farklı canlıları ortaya çıkartmış olabilir.
Her protein canlı oluşturmaz demişsin, proteinler zaten canlı hücrelerde bulunan aa dizileri. Trilyonlarca sayıda oluşan basit polipeptid kombinasyonları arasından biri yada bir kaç tanesi kendini gösterdiği, daha iyi uyum sağladığı, daha kullanışlı olduğu için canlı hücre için özel olmuş ve
herhangilikten, sıradanlıktan
çıkmıştır.
Amaç olup olmaması ayrı bir konu bunu tartışıyor değiliz. Evrenin en zor sorularından biri üzerinde kafa patlatılıyor, canlılık nasıl meydana geldi?
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Doğada 200 aa var ve bunlardan 20 tanesi canlılarda bulunuyor. Biz ortamda yanlızca 20 çeşit aa nın sağ ve sol ellileriyle birlikte var olduğunu hesaba katıyoruz. Diğer taraftan sağ elli veya sol elli olmasını aa sayısını 40 alarakata hesaba katabiliriz. Bu da aynı etkiyi yapar. Sonuçta L ve D aa lar bir birinden farklı.
Bunun da cevabı verilmişti dikkatli okuduysanız, tekrar etmeye gerek yok sanırım. Doğada 200 aa olsun, hesaba katılmaları gerekmez. Bunu apayrıntılı yukarıda anlattım, lütfen anlamaya çalışalım. Reaksiyona girme ihtimali çok düşük, belkide olmayan, kararlı yapılar oluşturamayan yapıları her fırsatta hesaplamaları şişirmek için katıyorsunuz.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Şimdi gelelim peptit bağına. Verdiğim para örneğini "basitleştirme" olarak gören arkadşımnızn su örneğini vermiş olması büyük talihsizlik. Oksijen ve Hidrojen arasında yanlızca tek bağ oluşabilir. Ancak aa lar arasında birden fazla bağlanma şekli var. H atomu iyonik bağı metallerle yapar oksijen ise ametaldir ve sadece kovalent bağ yapabilir.
Su molekülleri örneğini senin aa'lar arasında ille de peptid bağı olması gerektiğini söylevlemenden dolayı aktardım. Çünkü ikisi de aynı örnekleme tipi. O ile H arasında tek bağ olması gerektiğini söylüyorsunuz; ama polipeptid zincirleri oluşturma aşamasında aa'lar arasında tek bağ (peptid bağı) olması gerektiğini neden gözardı ediyorsunuz? Polipeptid polimerasyonunda aa'lar arasında gerçekleşen farklı bağlanma şekillerini bir gösterir misiniz neler varmış? Amin (NH
2
) grubu ile Karboksil (COOH) grubu arasında acaba hangi farklı bağ çeşitleri var peptidden başka bir açıklayınız lütfen, sonra düşünün hangi örnekleme talihsiz?
Anlatımında önceki iletinde bildirdiğin tezini çürütüyorsun fark edelim. H atomu iyonik bağı metallerle yapar oksijen ise ametaldir diyorsun da bu soruyu neden aa'ların oluşumları için de aynen düşünmüyoruz?
Protenoidlerden bahsetmişsin; ama ben onlardan değil ilk polipeptid zincirlerinden bahsettim. Protenoidler ilk canlı hücreye (mikrokürecik yapı) geçiş yapıları olarak Fox tarafından öne sürülmüş bir postulat. Konumuz ise protein molekülleri...
Polimerasyon için gerekli ortamın nasıllığı üzerine gerekli açıklamayı da önceki iletide yapmıştık.
Mehmet arkadaşımızın sorduğu soruyu yanıtlamadın mı, yoksa ben mi fark edemedim?
Akıllı tasarım dinsel bir görüştür, bilimin içinde değildir, önerdiği yeni bir şey yok. Behenin ihtimal hesapları da aynı yanıltmaca yollarla savlanan cümleler niteliğinde. Behe'nin kendi bölümünün internete duyuru koyarak "Akıllı Tasarım" fikirlerini bilim dışı bulduklarını, kesinlikle katılmadıklarını belirten bir ilan yayımlamışlardır (
http://www.lehigh.edu/~inbios/news/evolution.htm
). Kaldı ki HY grubu da Akıllı Tasarım'ı kabul etmemektedir (
http://www.harunyahya.org/guncel/akilli_tasarim_saptirmacasi.htm
). Neyse, ID (Akıllı Tasarım) konusu da farklı bir başlık konusu.
1-
"Synthesis of long prebiotic oligomers on mineral surfaces"
, Ferris JP, Hill AR Jr, Liu R, and Orgel LE, Nature, 381: 59-61, 1996
2-
"Synthesis of RNA oligomers on heterogeneous templates"
,Ertem G, and Ferris JP, Nature, 379: 238-40, 1996
«
Son Düzenleme: 01 Nisan 2006 - 19:14:08 Gönderen: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
»
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #5 :
01 Nisan 2006 - 20:28:58 »
Aynı ididaları devam ettirdiğimi söylüyorsun. Haklısın! Şimdi şu bağ meselesinden başlayalım. aa lar üç boyutlu yapıda oldukları için farklı bölgelrinden de bağ yapabiliyorlar. Protenoitlerin oluşma sebebi de iki aa nın NH
2
ve COOH guruplarının farklı bağ yapması değil farklı noktaladan bağ oluşuyor olması. NH
2
ve COOH arasında farklı bir bağ oluşuyor diye bir iddiamız yok. aa lar dev moleküller. Ve farklı noktalardan da bağ yapma özelliğine sahipler. Bu nedenle deneysel sonuçlara dayanarak peptit bağı oluşma ihtimali %50 alınıyor. Ne kadar enterasandır ki peptit bağı yerine farklı bir bağ oluştuğunda protein oluşamıyor. aa çorbasından oluşan ortamda peptit bağının yanında farklı bağlarda oluşabiliyor. Fox deneyinde bu bağlar olduğu için protein oluşmuyor.(düzeltme yaparken bir harfin eksikliğinin anlamı nasılda değiştirdiğini fark ettim
) Protenoitlerin varlığı deneysel olarak kanıtlanmış yani....
Gelelim para örneğine. Para örneğini açarak nasıl benzeştiklerini yazdım. Ve ısrarla hesaplamaların zamandan bağımsız olduğunu söyledim. "0" ın anlamı olamaz demek. Yani her dizilimde en az bir noktada hata oluşacak demek. Yani imkansız demek. İhtimal dahilin de değil demek. Verdiğin örnek güzel. Ancak konuyla alakalı değil. Biz zaman yetmez demedik ki. Kaç kez dnenemiş olursa olsun "oluşamaz" dedik. 500 dizlime gelince burada mantık yürütüyoruz. Nasıl evrimi savunanlar, su kaynağı zamanla kurumuş olabilir diyorsanız, biz de 500 aa içeren bir protein var olabilir diyoruz. Az sayıda aa nın varlığı diğerlerininde az olmasını gerektirmez. Tekrar edersek burada işlev var, bir amaç var ve bu amaç her hangi bir proteinle gerçekleştirilemez. Bu nedenle canlılığın "ilkelden" başlaması proteinlerin az sayıda aa içermesini gerektirmez. "İlkellik" proteinlerinin aa sayılarına değil canlının yapısına bağlıdır. Bana sorarsan evrimcilerin tanımladığı, içi boş bir kavramdır. 1/10^50 ve daha küçük ihtimaller "0" kabul edilir. Eğer varsa elinde daha küçük çıkartan bir hesaplama, onu tartışalım. Şu durumda "0" geçerliliğini koruyor.
"Akıllı tasarımın" HY gurubu tarafından kabul edilmediğini biliyorum, gerekçeleriyle birlikte. Bu "evrimin bütün bilim çevrelerince kabul edilmediği" gerçeğini değiştirmiyor. Ne tesadüftür ki ABD de bir eyalet makkemesi "dini öğretilerle" uyuşuyor gerekçesiyle akıllı tasarımın liselerde okutulmasını yasakladı. Bence big-bang ve diğerleri de yasaklanmalı, zira fazlasıyla delil sağlıyor yaratılışa!...
«
Son Düzenleme: 01 Nisan 2006 - 20:41:17 Gönderen: İhsan Esentürk
»
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Engin Eren
Aktif Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 24
Ynt: Küçük bir ekleme!!
«
Yanıtla #6 :
01 Nisan 2006 - 23:42:10 »
merhaba arkadaşlar;
Bakın Prof.Richard Dawkins ne diyor;
''Hemoglobin molekülü,birbirine sarılmış dört aminoasit zincirinden oluşur.Şimdilik bu dört zincirden yanlızca birini ele alalım.Bu tek zincirde 146 aa vardır.Canlılarda,genellikle 20 farklı çeşit aminoasit vardır.146 bakkalı bir zincirde 20 farklı çeşidi düzenlemenin olası yollarının sayısı inanılmaz yuksektir.Asimov buna ''hemoglobin sayısı'' diyor.Hemoglobin sayısını kolayca hesaplayabiliriz fakat gözümüzde canlandıramayız.
Zincirin ilk baklası elimizdeki 20 aa'den herhangi biri olabilir.İkinci bakla da öyle.İki baklanın düzenlenebileceği olası yolların sayısı 20x20,yani 400,olası 3 baklanın düzenlenme sayısı 20x20x20.
146 baklalı zincirin olası düzenlemelerin sayısıysa 20'yi 146 kez kendisi ile çarparak bulunur.Bu sizi afallatacak kadar buyuk bir sayı.1 milyon sayısında 1'den sonra 6 sıfır vardır.Aradığmız hemoglobin sayısında ise 1 den sonra yaklaşık 190 sıfır vardır!Bu,şans eseri hemoglobin molekülünü elde etmeme olasılığını gösteriyor.ve hemoglobin molekülü ,bir canlının bedenindeki karmaşıklığın yanlızca küçük bir parçası.
Basit bir eleme işlemi ,kendi başına ,bir canlıdaki düzeni yaratabilmekten cok uzak!!''
Bundan sonra birikimli seçilim ile ''tek basamaklı seçilim'' arasındaki farkı anlatıyor,konumuzun dışında olduğu için yazmadım...
Hayırlı akşamlar!!
Logged
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 378
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #7 :
02 Nisan 2006 - 10:36:14 »
Sevgili Eren, Dawkins'in böyle bir yazısı var; ama keşke bahsettiğin "birikimli seçimle" hemoglobinin oluşabilirliğini de yazının sonuna ekleseydin. Çünkü Dawkins'in hemoglobin hakkında bahsettiği ihtimal tek basamaklı seçilimle düşünüldüğünde elde edilen bir sonuç. Böyle biraz eksik kaldı gibime geldi. :)
Logged
AHHA!
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 378
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #8 :
02 Nisan 2006 - 11:18:51 »
Sevgili İhsan, bizim bahsettiğimiz protein yapıları, anlamsız aa zincirleri değil, farklı bağlanma şekilleriyle bir araya geliyor olsalar, kararlı yapılar oluşturamadıktan sonra bir anlamı yok. Farklı bölgelerinden farklı bağlar yaptıklarını söylüyorsun. Farklı bölgelerinden bağ yaptıklarına dair kaynak gösterebilir misin, onun üzerinden tartışmaya devam edelim. Yada şu an doğada bulunan peptid bağı yapmadan bir araya gelmiş aa zincirlerine örnek verirsen konuyu daha iyi anlamış olurum.
Dediğin gibi olsa bile
bunu ısrarla söylüyorum, iki aa'nın peptid bağı yapabilme eğilimi ile, söylediğin şekilde farklı noktalarından bağ yapma eğilimi aynı mı? % 50 olduğuna dair kanıtın nedir?
Önceki iletimde verdiğim örnekteki gibi, örneğin, H atomunun ortamında bulunan F, Cl, He atomlarıyla bağ yapma eğilimi farklıdır. Buna bağlı olarak F'nin, Cl'nin ve He'nin seçilme olasılığı 1:3'tür diyemeyiz. He'nin bağ yapma ihtimali 0, F ve Cl atomlarının ise 1:2 de değildir. Bu tip ilişkiler her nedense hep göz ardı ediliyor.
Fox deneyini zaten kabul etmiyorsunuz, bugün laboratuvarlarda hiç bir zaman bağ yapmayan soy gazlara da bileşikler yaptırılıyor; ama doğada yoklar.
Verdiğim örnek neden konuyla alakalı değil anlayamadım? Bir proteinin ne kadar zaman geçerse geçsin oluşamayacağını savunuyorsunuz, ben de oluşabilirliğini örnekledim. Kaç kez denenmiş olursa olsun "oluşamaz" dedik diyorsun, işte aa molekülleri sayısını artırarak deneme sayısını artırdık.
Son olarak da ilk hücrede olması gereken Proteinlerin neden fazla sayıda aa olması gerektiğini, karmaşık yapısı olmayan hücrenin buna neden ihtiyacı olduğunu (proteinin aa sayısının fazla olması karmaşık işlevler yaptığını gösterir) açıklarsan sevinirim.
10
50
de 1 ihtimaller sıfır kabul edilir; ama tek tek, ardıl sıra yapılan (sequential) denemelerle. Örneklediğim gibi proteinleri oluşturacak 10
27
tane aa molekülü çok kısa süre içerisinde çok sayıda kombinasyonla bir araya gelerek bu ihtimali gerçekleştirebiliyorlar. Aynı Matematik, kişi sayısı arttığında istenilen belirli yazı-tura dizisinin oluşabilme ihtimalini makul görmüyor mu?
Akıllı Tasarımın kanıtları yok, sadece evrim teorisinin eksik gördüğü noktaları kullanarak savunusunu yapıyor, Big Bang ise kanıtlarıyla ortada, yani ikisini bir tutamayız. Ayrıca Büyük Patlamanın yaratılışa kesin bir delil sağladığını da düşünmüyorum. Konumuz değil; ama ben kendi fikrimi söyleyeyim, yaratılmış olduğumuzun ortaya konması
inançlı bir insan için
bilimsel verilerle ispatlanması gereken bir durum
değildir.
Sevgiyle kalın...
«
Son Düzenleme: 02 Nisan 2006 - 15:45:38 Gönderen: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
»
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #9 :
02 Nisan 2006 - 15:46:02 »
http://www.idurc.org/archive/bau_chemicalevolution.htm
:
Alıntı
Peptide bonds are what transform the building blocks of proteins, amino acids, into a fully functioning strand . The probability of a peptide bond occurring independently of all other aspects of the protein strand is ½ . Then, if one considers the probability for one hundred amino acids peptide bond linkages to occur it would be (½)100 or a chance of 1 in 1030 (Meyer 125). [
Meyer, Stephen C. “DNA and the Origin of Information.” Rpt. in Mere Creation . Ed. by
HY gurubundan farklı bir kaynak bulmak zor oldu. Türkçe kaynak bulamadığım için üzgünüm. Peptit bağı yapmadan oluşmuş protein benzeri yapılara "protenoit" deniliyor. Fox deneyinde ortamda hiç sağ elli amino asit olmadığı için, çünkü saf, amino aistleri kullandı, protenoitler peptit bağı harici bağlar sonucu oluştu. Bu bağlarla ilgili kaynak bulamadım. Türkçe sitelerde malesf yok, var olanlarda HY grubu ve benzerlerinde olduğu için almak istemedim. Eski forumda da bu konuyla ilgili HY nin bir makalesi yayınlanmıştı evrim bölümünde. Link verildiğinde orayada bakabilirsin.
Verdiğin örneğe gelince hızlandıracağı doğru ancak, zaman sınırlamamız yok. Eğer para örneğinde paraları sırayla değilde aynı anda atsaydık bu tek basamaklı seçilim olurdu ve itirazını anlardım. Paraları beşerli guruplar halinde de ele alabiliriz demiştim. Bu durumda 2x2x2x2x2=2^5=32 adet gurup oluşur. Bu gurupların yön değiştirdiğini düşünürsek, 16 farklı gurup kalır elimizde.
YYTTY ile YTTYY gurupları bir birlerinin yerine geçebilir. Aynı durum amino asit zincirleri içinde geçerli olsun dedik. Ve oluşan 8 li 7 li zincirlerin bir birleriyle daha sonra bağlanabileceklerini modellemek için hesabı 5 li guruplar üzerinden yaptık.
Bu durumda 200 dizi kalır 1000 e ulaşmak için.
16
200
=(2
4
)
200
=2
800
log
10
(2
800
)=log
10
X
800log
10
(2)=log
10
X log
10
(2)=0,30103
240=log
10
X çıkar.
Buradan da X=10
240
çıkar.
Guruplamadan önceki hesabımız ise 2
1000
idi
2
1000
=10
301
Sayı guruplayınca yöne bağlılık nedeniyle küçülmekte. Aynı şeyi amino asitlerede uygulayabiliriz. Peptit bağı ve L veya D olması ihmal edilip sadece dizilim ele alındığında 100 aa için 10 arlı gurupları ele alırsak,
20
10
Adet gurubumuz olur. Yön değiştirebilir olduklarından 20
10
/2 gurup kalır.
10x20
9
=2
9
10
10
[2
9
10
10
]
10
=2
90
10
100
log(ab)=loga+logb 2
90
=10
27
2
90
10
100
=10
27+100
=10
127
Guruplamadan önce ki halde :
20
100
=10
130
oluyor. Görüldüğü gibi guruplama etkisi burada daha az.
Guruptaki eleman sayısını değiştirmeden yaparsak, para örneğindeki gibi 5 şerli gurupları alaırsak (şüphemiz kalmasın, hem de değişim hakkında bilgimiz olsun )
20
5
/2=10x20
4
=2
4
10
5
(2
4
10
5
)
20
=2
80
10
100
2
80
=10
24
2
80
10
100
=10
124
Son haliyle bile imkan sınırlarının ötesinde bir ihtimal var elimizde.
Gönderen: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Alıntı
Akıllı Tasarımın kanıtları yok, sadece evrim teorisinin eksik gördüğü noktaları kullanarak savunusunu yapıyor, Big Bang ise kanıtlarıyla ortada, yani ikisini bir tutamayız.
Akıllı Tasarım'ın kanıtları bunlar....
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 378
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #10 :
02 Nisan 2006 - 16:10:38 »
İhsan, HY'den örnek vermemeye çalışmışsın; ama HY grubunun kitaplarını kaynak olarak aldığı ID (Intelligent Design- Akıllı Tasarım) sitelerinden yapmışsın alıntıyı. HY de zaten aynı şeyleri söylüyor, ben de senden bunu (aa'ların farklı kısımlarından bağlar yaptığını) kaynak gösterebileceğin bir makale istiyorum (Pubmed'den olabilir mesela, yapılmış tüm çalışmaların, makalelerin arşivlendiği site, oradan bakabilirsin). Alıntıda kaynak ise bilimsel bir makale değil, evrimi kabul etmeyen, yani objektif yaklaşmayan birinin yazmış olduğu yorum niteliğinde bir makale (İsmine dikkat edelim, Mere Creation/Sadece Yaratılış).
Protenoidler doğada bulunuyorlar mı? Bulunuyorlarsa Fox neden çalışmalarında bunları elde etmeye çalışsın ki zaten varlar. Ayrıca belirtmiştim ki, protenoidler, protein benzeri yapılar nasıl oluşmuş olabilir üzerine yapılmış bir çalışma değil, ilk hücrenin oluşabilirliği üzerine yapılmış ve elde edilmiş mikroküre yapılar (Bu mikrokürelerin daha sonra hücreye dönüşebileceği öngörülmüş). Yine de Fox'un yapmış olduğu makaleyi bulmaya çalışıp protenoidlerin aa'ları arasındaki bağların ne olduklarını bulmaya çalışayım.
Uzun hesaplamalar yapmışsın, zamanını almıştır, sağolasın. Ama para atılması ve aa zincirlerinin oluşumuyla ilgili verdiğim örnekte paraların sırayla değil, aynı anda atıldıklarını (çünkü yüzlerce kişi aynı anda atıyor, deneme yapıyor), dolayısıyla milyonlarca aa zincirleri kombinasyonlarınının aynı-yakın zaman dilimlerinde oluştuklarını söylemiştim.
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #11 :
02 Nisan 2006 - 16:24:43 »
Halim kusura bakma. İngilizcenm iyi değil. :utangac: Sadece daha önce türkçesini okuduğum hakkında bilgi sahibi olduğum şeyleri anlıyabiliyorum. Onun için Türkçe kaynak aradım. Çok uzun sürüyor yabancı dil de tarama yapmam. Hesaplamaları merakımdan dolayı yaptım. Ben de ilk kez buraya yazarken öğrenmiş oldum guruplamanın azaltıcı etksini. Nedense bir türlü analaşamadık para örneği üzerinde. Milyarlarca 5 şerli gurup olsun elimizde. Bu sadece zamanı kısaltır. Doğru birleşmelerini sağlamaz ki. Makale kim tarafından yazılmış dikkat etmedim. Atıfta bulunulan eseri vermek için kopyaladım buraya. Araştırmaya çalışacağım yine de. Bende merak ediyorum çünkü. Görüşmek dileğiyle...
Bu arada en küçük ihtimal 2 şerli guruplarla oluşuyor. :smiley:
20
2
/2=10x20=2x10
2
(2x10
2
)
50
=2
50
10
100
2
50
=15
2
50
10
100
=10
115
İlginç....
«
Son Düzenleme: 02 Nisan 2006 - 18:21:16 Gönderen: İhsan Esentürk
»
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 378
Ynt: Proteinler tesadüflerle mi oluştu?
«
Yanıtla #12 :
02 Nisan 2006 - 16:46:01 »
Mesela alıntıladığın yazıda Meyer demiş ki: "The probability of a peptide bond occurring independently of all other aspects of the protein strand is ½ "
Protein zincirlerinin diğer görünümleri düşünüldüğünde peptid bağının oluşma olasılığı 1/2'dir diyor. Yani proteinler meydana gelirken aminoasitler arasında farklı bağların da olduğunu söylüyor. Hiç bir kaynak da proteinlerde peptid bağları haricinde bağ oluşumunun olduğunu duymadım, rastlamadım. Organik kimya 2 dersimiz var bu dönem alıyoruz, konumuz aminoasitlerin yapıları, haftalardır ayrıntılı yapılarını inceliyoruz. Farklı bir bağlanmadan, bağ çeşitinden, böyle bir şeyden bahsedilmedi.
Logged
AHHA!
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
<