Anasayfa
|
Forum
|
Bilimler
|
Arşiv Tarama
|
GenKalem
|
Destek
|
Site Haritası
|
Linkler
|
RSS
|
Reklam
|
Arkadaşını Davet Et
|
İletişim
Anasayfa
Bilimler
Forum
Haberler
GenKampüs
Galeri
Kitaplar
e-dükk@n
Destek
İletişim
Anasayfa
Forum
Üye Ol
Şifre Hatırlat
_MYPMS_PROFILE_POPUP_ALERT
_MYPMS_POPUP_CNT
_INBOX
_MYPMS_CLOSE
GenForum - Bilimsel Forumlar - Türkiye Bilim Sitesi
|
Katagoriler
|
Evrim
(Moderatör:
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
) | Konu:
Nötr Mutasyonlar
Sayfa: [
1
]
Aşağı git
« önceki
sonraki »
Gönderen
Konu: Nötr Mutasyonlar (Okunma Sayısı 1163 defa)
0 Üye ve 0 Ziyaretçi konuyu incelemekte.
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 379
Nötr Mutasyonlar
«
:
28 Mart 2006 - 03:46:25 »
Doğal seçilim sırasında bazı bireylerin çevreye uyumunu sağlayan mutasyonlar büyük olasılıkla çevre koşulları değişmeden önce meydana gelmiştir. Ortam koşulları değişmeden önce canlıya ne yarar sağlayan, ne de zarar veren böyle mutasyonlara
Etkisiz=Nötr mutasyonlar
denir.
Bu mutasyonlar ortam koşullarının değişmesiyle kendilerini belli ederler; yani ortam koşulları değiştiğinde, bulundukları canlıların yaşama şansını artırırlar. Bu mutasyonlar canlılığın evriminde lokomotif görevi görürler.
Bu mutasyonlar Proteinlerin
belirli aminoasitlerini
değiştirirler. Bu tür değişimler canlının yaşamı üzerinde belirli yararı yada zararı olmayan değişikliklerdir.
Örneğin, ortalama sıcaklığın 25 °C olduğu bir ortamda bir canlı mutasyonla -10°C'de de yaşama yeteneği kazanmışsa bulunduğu koşullarda bu yetenek kendisi için bir zarar ya da yarar sağlamaz. Ortam koşullarının değişmesi, örneğin iklimin çok soğuması sonucu bu özelliğe sahip olan bireyler ve onların sonraki nesilleri yaşama şansına sahip olacaklar ve türün yaşamını devam ettireceklerdir. Sonuçta soğukta yaşama yeteneği olan bir ırk ortaya çıkacaktır.
Diğer bir örnek, laboratuvar ortamında bakteri kültürünün üzerine antibiyotik verildiğinde sadece birkaç bakterinin hayatta kalması, hayatta kalan bu
bireylerdeki nötr mutasyonun kendini gösterdiğinin kanıtıdır
. Bu bireylerde antibiyotiğe dirençli olma özelliği vardı; ancak antibiyotik verilmeden önce bu özelliğin hiçbir olumlu ya da olumsuz katkısı yoktu. Yalnızca ortam koşulları değiştiğinde kendini gösterdi; o bireylere hayatta kalma şansı verdi.
Eğer verilen antibiyotiğe dayanıklılık sağlayan bu mutasyon (gen) bulunmasaydı ortamdaki tüm bakteriler yok olurdu.
Doğal seçilimin hangi yönde ortaya çıkacağı bilinmediği için, bir canlı türünde etkisiz mutasyon çeşidinin fazla olması türün değişen koşullara uyum yeteneğini artıracaktır.
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #1 :
28 Mart 2006 - 22:33:38 »
Şimdi izninizle verilen örnekleri incelemek istiyorum. İlk örneğe bakarsanız 25
0
C den -10
0
C ye değişen yaşam koşulu ve bu koşula uygun özellik değişiminden bahsetmiş arkadaşımız. Bu şekilde söylendiğinde gayet mantıklı duruyor önerme ancak ayrıntıya girdiğinizde mantıksız olduğu kolayca anlaşılıyor. -10
0
C de yaşamak için gerekli yapılar sadece tek sistemle ilgili olmayıp birden fazla sistem üzerinde değişiklik gerektirir ve mutasyonların canlıya zarar vermeden bu değişikliği gerçekleştirmesi olanaksızdır. Kaldı ki bu iki zıt yaşam şekli arasında canlının koşullar değişmeden hayatta kalmasını beklemek oldukça zordur. Sıcak ortamda sarf edeceği efor yeni yapısındaki değişiklikler nedeniyle kısıtlanacaktır. Çünkü vücut sıcaklığını korumada büyük sorunlar yaşayacaklarını tahmin etmek zor değil. Sıcak ortamda ısının uzaklaştırmasına yönelik eylemler soğuk ortamda ısının muhafaza edilmesine yönelik olacaktır. Şimdi sıcak ortamda daha kalın kürke sahip bir ceylanın normal bireyler kadar uzun süre koşamayacağı kesindir. Bu takdirde ortam koşulları değişinceye kadar bu bireyler "zayıf" bireylerdir ve elenmeleri gerekir. Tekrar başa dönercek olursak birden fazla sistemin değişiminden bahsetmiştik. Bu durum mutasyonların üst üste biriktirilmesini gerektirir ve dikkat ederseniz burada "birikimli seçilimi" sağlayacak her hangi bir mekanizma olmadığı için örnekte verilen önerme yanlıştır!!. Nötr mutasyonların evrimleştirici etkisi olamaz. Mutasyonlar yapıları gereği genetik bilgiyi artırmaz azaltırlar.
Burada kılkanatlılar örneğini sunmakata yarar görüyorum. Sert rüzgarlar nedeniyle yerde yürüyerek yaşamak zorunda kala uçabilen böceklere zamanla mutasyonlara maruz kalmışlardır. Kanat yapılarını köreltici etkiye sahip mutasyon geçirmiş bireyler kanatlarını kullanmadıkları için hayatta kalmış bir başka değişle kanatlar için " doğal seçilim" mekanizması devre dışı kalmıştır. Bunun neticesinde kanat yapıları uçmaya elverişsiz bir populasyon meydana gelmiştir. Bu örnek aynı zamanda nötr populasyon örneğidir.
Alperen:
Alıntı
Ortam koşulları değişmeden önce canlıya ne yarar sağlayan, ne de zarar veren böyle mutasyonlara Etkisiz=Nötr mutasyonlar denir.
Tanımda da görüleceği üzere "Ortam koşulları değişmeden önce" yani aynı ortam şartlarınada ibaresi "kılkanatlar"ı nötr mutasyon örneği yapar. Burada genetik bilgi artışı değil denetik bilgi azalması vardır. Ancak genetik bilgi kaybı kullanılmayan organ üzerinde olduğu için canlı için etkisiz olmuştur. Burada yaşayan böcek türleri rüzgarların sert esmediği bir ortama götürüldüklerinde genetik kayıbı olan kılkanatların değil normal bireylerin daha avantajlı olacağı açıktır. Sonuç olarak "nötr mutasyonlar" da zararlıdır ancak onları etkisiz kılan şey "ortam koşulları" bir başka değişle "kullanılamayan yapılarda meydana gelmeleri" dir. Bu görme engelli bir insanın retinasının tahrip olmasından etkilenmemesi gibi dir.
Bakterilerle ilgili örneğe gelince bakterilerin bazılarının zaten antibiyotiklere karşı dirençli olduğu bilinmektedir. Bu özelliklerini mutasyonlar sonucu kazandıklarını doğrulayacak her hangi bir kaynak yokken neden canlıda var olan özellik "nötr mutasyon" olarak tanımlanmıştır. Evet belki mutasyon sonucu oluşmuş olabilir. Ancak elimizde bunu doğrulayacak her hangi bir bilgimiz yokken neden kesin yargılara varırız?? Burada en kötü ihtimalle bir belirsizlik vardır ve bu belirsizlikte sırf "evrim" e delil toplamak için kesin hüküm vermenin ve ikinci ihtimali ( bakterinin bu özelliğinin hep var olduğu) atlamanın, görmezden gelmenin bilim etiği açısından "ayıp" sayılacağı aşikardır.
Eğer mutasyonlar faydalı olabiliyorsa neden nükleer santrallere karşıyız? Neden cep telefonları mutasyona sebep olmasın diye yasal sınırlar koyuyoruz? Bence "öjeni"yi savunanlar gibi davranmalı "İnsanın evrimi" nin önündeki engelleri kaldırmak için daha fazla radyasyon üretmeli, mutasyana sebep olabilecek her türlü etmeni devreye sokmalıyız ki "insanın evrimi" hızlı bir şekilde gerçekleşsin.
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 379
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #2 :
29 Mart 2006 - 03:29:24 »
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk üzerinde 28 Mart 2006 - 22:33:38
İlk örneğe bakarsanız 25
0
C den -10
0
C ye değişen yaşam koşulu ve bu koşula uygun özellik değişiminden bahsetmiş arkadaşımız. Bu şekilde söylendiğinde gayet mantıklı duruyor önerme ancak ayrıntıya girdiğinizde mantıksız olduğu kolayca anlaşılıyor. -10
0
C de yaşamak için gerekli yapılar sadece tek sistemle ilgili olmayıp birden fazla sistem üzerinde değişiklik gerektirir
Belirttiğin durum yüksek organizasyonlu canlılar için evet geçerli; ama verilen örneğin muhatabı tek hücreli mikrobiyal canlılardır ve bahsettiğim şekilde değişimlerin olması son derece makul ve gözlemlenen bir durumdur.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Nötr mutasyonların evrimleştirici etkisi olamaz. Mutasyonlar yapıları gereği genetik bilgiyi artırmaz azaltırlar.
Sanırım bu konuda yapmış olduğun yada yapılmış bir çalışma var, kaynak gösterirsen sevinirim. Keşke bu tür bilimsel (!) iddialarda bulunmadan önce internette bu konu üzerine yapılmış çalışmaların makalelerini tarayıp okusak da buna göre bir değer ifade eden cümleler kullansak olmaz mı?
İddia edildiği gibi mutasyonlar
her zaman için
genetik bilgiyi azaltsaydı, bugün hayat olmaz, canlı türleri kısa bir zaman içerisinde yok olup giderdi, yanılıyor muyum? Çünkü mutasyonlar en azından varyasyonlar meydana getiriyor, hiç düşündünüz mü acaba bu çeşitlilik (varyant) nasıl meydana geliyor?
Sizin iddia ettiğiniz gibi düşünürsek o zaman bir canlı türünün populasyonundaki tüm bireyler
tek tip
olmak zorunda olurdu, ki bu da genetik bilgiyi sürekli azaltan (!) mutasyonların o canlı türünün kısa bir süre sonra yok olmasına sebep olurdu. Mutasyonların çeşitliliği artırmasından dolayıdır ki farklı çevre şartlarına uyum sağlayabilen farklı özelliklerdeki bireyler vardır.
Nötr mutasyonların evrimleştirici etkisini önceki iletimde bahsettiğim için tekrar etmiyorum.
Mutasyonlar, oluşumları gereği bazı durumlarda genetik bilgide canlının ölümüyle sonuçlanabilecek zararlı etkilerde bulunduğu gibi, gerek nötr (mutasyonların büyük bir bölümü) gerek faydalı mutasyonlarla (nadir) genetik dizilimde meydana gelebilecek değişimle yeni bir özellik kazandırabilir.
Verdiğin kılkanatlılar örnek deneyinde doğal seçilimin devre dışı kalması diye bir durum yok, bu kısmı düzeltelim. Doğal seçilim kanatsız bireyler lehine çalışmıştır denilmesi gerekir. Şimdi açıklamana bakalım.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Tanımda da görüleceği üzere "Ortam koşulları değişmeden önce" yani aynı ortam şartlarınada ibaresi "kılkanatlar"ı nötr mutasyon örneği yapar.
Yapılan bu deneyin nötr mutasyonlarla hiç bir ilişkisi yok. Ne yazık ki "Nötr mutasyon" kavramını tam olarak kavrayamamışsın ve yanlış bir örnek vermişsin. Yanlışlar neler peki, bunlara bakalım.
1-
Bulunulan koşula göre
eğer güdük kanatlılığa sebebiyet veren genetik değişiklik, kanatlılığa göre bir dezavantaj ise bu "zararlı bir mutasyondur" ve zamanla çevre koşullarının etkisiyle populasyondaki oranları azalır.
2- Apaçıktır ki, zamanında güdük kanatlılığa neden olmuş bu mutasyon
etkisini fenotipte direkt olarak göstermiştir
ve populasyonda güdük kanatlı bireyler de meydana gelmiştir. Bu bir nötr mutasyon değildir.
Nötr mutasyonlar etkisini hemen göstermez, sessiz kalırlar
.
3- Güdük kanatlılık da populasyon için bir çeşitlilik (varyasyon) olduğundan, populasyonun sert rüzgarlara maruz bırakılması kanatlıların elenmesine neden olmuştur ki bu doğal seleksiyondur. Nötr mutasyon kendisini göstermiş demek değildir bu.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Burada genetik bilgi artışı değil genetik bilgi azalması vardır. Ancak genetik bilgi kaybı kullanılmayan organ üzerinde olduğu için canlı için etkisiz olmuştur.
1- Genetik bilgi kaybı olmuştur evet; ama ortam şartlarından (sert rüzgarlara karşı) dolayı canlıya yarar sağlamıştır.
2- Mutasyon "kullanılmayan organ" üzerinde etkisiz kalmıştır, şu an için canlıya ne bir faydası ne de bir zararı vardır. Bu mutasyondan dolayı herhangi bir işlevini kaybetmemiştir; ama hiç bir özellik de kazandırmamıştır. Dolayısıyla bu nötr mutasyon olarak kabul edilebilir.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Burada yaşayan böcek türleri rüzgarların sert esmediği bir ortama götürüldüklerinde genetik kayıbı olan kılkanatların değil normal bireylerin daha avantajlı olacağı açıktır.
Doğal seleksiyon...
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Sonuç olarak "nötr mutasyonlar" da zararlıdır ancak onları etkisiz kılan şey "ortam koşulları" bir başka değişle "kullanılamayan yapılarda meydana gelmeleri" dir. Bu görme engelli bir insanın retinasının tahrip olmasından etkilenmemesi gibidir.
Yanlış bir deney örneği vermişsin, ki nötr mutasyonların zararlı olduğunu gösteren bir deney anlatmış olsaydın dahi
sadece bir deneye bakarak
nötr mutasyonların her zaman zararlı oldukları sonucuna varmamız bilim dışı olur. Yapılan deney zararlı olabileceğine bir örnek olur, ki zaten ortam koşullarına göre canlıya zarar yada fayda sağlayabileceğini söylüyoruz.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Bakterilerle ilgili örneğe gelince bakterilerin bazılarının zaten antibiyotiklere karşı dirençli olduğu bilinmektedir.
Bakteriler biz insanların antibiyotikleri kullanmaya başladığımız zamandan önce, olmayan bir şeye nasıl direnç gösterebiliyorlar acaba? Milyonlarca yıldır bakteriler bugünler için "antibiyotik direnç genini" mi saklıyorlardı? Bu özellik nasıl gelişti? Peki sizin bilimsel açıklamanız nedir? Hadi dediğin gibi olsun, peki laboratuvarlarda spesifik ortamlara (antibiyotiklere, ağır metallere vb. karşı), şartlara direnci olmayan bakteriler nasıl direnç geliştiriyorlar? Buna yanıtınız nedir?
Bakterilerin geçmişte mutasyona uğrayarak bu özellikleri kazandıkları mekanizma gereğidir, çünkü laboratuvarlarda doğada gerçekleşen olgular taklit ediliyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Burada en kötü ihtimalle bir belirsizlik vardır ve bu belirsizlikte sırf "evrim" e delil toplamak için kesin hüküm vermenin ve ikinci ihtimali ( bakterinin bu özelliğinin hep var olduğu) atlamanın, görmezden gelmenin bilim etiği açısından "ayıp" sayılacağı aşikardır.
Bakterilerde bu özelliklerin milyonlarca yıldır hep var olduğunun bilim etiği açısından cevabını senden bekliyorum.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Eğer mutasyonlar faydalı olabiliyorsa neden nükleer santrallere karşıyız? Neden cep telefonları mutasyona sebep olmasın diye yasal sınırlar koyuyoruz?
Mutasyon nedenlerini bir sayabilir misin? Yazından, sanki mutasyona neden olan bir tek radyoaktif etmenler vardır anlamı çıkıyor???
Verdiğin örnek "zararlı mutasyonların"
birincil derecedeki etkenleri olan
, canlı DNAsında hayati önemde bölgeleri etkileyen ve onarılamayacak derecede dejenere eden
yüksek enerjili
ışınlardır (yüksek enerji büyük ölçüde DNA'yı tahrip eder) ve bildiğim kadarıyla yararlı sonuçları yoktur. Zannettiğin gibi evrim bu tip mutasyonlarla ilerlemez.
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #3 :
29 Mart 2006 - 05:54:22 »
Peki ilk örneğin muhatabı "tek hücreliler" olsun.
Neden tek hücreliler ortam şartları henüz değişmemişken farklı bir ortam için özellik saklaya bilirken "antibiyotik direncini" saklayamasınlar yada sahip olmasınlar? İki cümle arasındaki zıtlığı gidermeliyiz!..
Tek hücreli bir canlıda iki farklı şarta uyum sağlama nasıl gerçekleşmiş olabilir. Şimdi burada örneğimizi gerçeğe birazdaha yaklaştıralım. Belirli sıcaklıklar değil sıcaklık aralıkları olsun. 20 ila 50
o
C arasında yaşayabilen bir bakteri -10 ila 50
o
C arasında yaşayabilir hale gelsin. Şimdi bir düşünelim bakalım neler değişmeli bu tek hücrelide bile..
İlk başta değindiğimiz zıtlığa gelince eğer 20-50
o
C de yaşarken -10
o
C de yaşayabilecek yapıyı kazanabilen yada bu yapıya en baştan beri sahip olabilirken antibiyotik direncine sahip olmasın? İlkine sahip olabiliyorsa ikinciyede pek ala sahip olabilirler. Bu takdirde
Alıntı
Bakteriler biz insanların antibiyotikleri kullanmaya başladığımız zamandan önce, olmayan bir şeye nasıl direnç gösterebiliyorlar acaba? Milyonlarca yıldır bakteriler bugünler için "antibiyotik direnç genini" mi saklıyorlardı? Bu özellik nasıl gelişti? Peki sizin bilimsel açıklamanız nedir? Hadi dediğin gibi olsun, peki laboratuvarlarda spesifik ortamlara (antibiyotiklere, ağır metallere vb. karşı), şartlara direnci olmayan bakteriler nasıl direnç geliştiriyorlar? Buna yanıtınız nedir?
Bakterilerin geçmişte mutasyona uğrayarak bu özellikleri kazandıkları mekanizma gereğidir, çünkü laboratuvarlarda doğada gerçekleşen olgular taklit ediliyor.
Sorularının ik kısmı düşer. Gelelim ikinci kısma yani labaratuar şartlarında "yeni özellik kazanımına" ; burada kullanılan mekanizmalar 1- doğada zaten var olan ve genetik çeşitliliği sağlayan mekanizmaların taklidi ( Konjugasyon ve virüsler gibi ) 2- canlıda yönlendirilmiş mutasyona sebep olacak mekanizmaların oluşturulması. Yönlendirilmiş mutasyondan kasıt canlının sadece bir özelliği üzerinde değişiklik yapacak ve diğer özellikleri (genleri) üzerinde değişim yapmayacak şekilde !"kontrollü"! şartların oluşturulması. Bu deneylerde yeni özellikler oluşsa bile deneyin yapılış şeklini deney düzeneğini atlayarak sonuç çıkartılamaz. Deneyler gerçeği temsil edebildikleri kadar anlamlıdır. Ve iyi kurgulanmamış bir deney yanıltıcı sonuçlar verebilir.
Mutasyonların ne olduğuna bakarsak neden zararlı olduklarınıda anlayabiliriz. DNA diziliminin değişmesi demektir mutasyon yani şu an okuduğunuz yazıdaki harflerin yerlerinin kayması gibi sonuç tabiki yıkıcı olacaktır. Burada dikkatinizi bir noktaya çekmek istiyorum "evrim" i savunan arkadaşlar üstü kapalı bahsedilen şeyin mahiyetine ayrıntısına girmeyen cümleler kuruyorlar. DNA dizilimi üserindeki rasgele değişikliğin anlamlı bir başka dzizlim oluşturmasını bekleniyor. Bu da yeterli değil değişiklikten önce var olan ve canlının kullandığı proteinin değiştirilmiş yada değişmiş olması canlının hayatını devam ettirmesine engel olmamalı. "Efendim bir gen dizilimindeki her nükluotit protein yapımına katılmaz mutasyon katılmayan bölegede oluşmuş ve birikmiş olabilir." Evet bu mümkün ancak anlamlı bir dizilimin tek basamakta oluşması mümkün değilken çok basamakta oluşması "birikimli seçilim" olmaksızın mümkün mü? malesef değil. 1000 nükliotitten oluşan DNA zinciri (çift) 2^1000 dizilimden yanlızca biridir ve bu dizilimin rastgele oluşabilmesi için ya "mucize" olması gerekir yada "birikimli seçilim" ve dikkattinizi bu noktada toplamak istiyorum "Henüz Fenotipte açığa çıkmamış mutasyonların" ne yada kim tarafından seçileceği ve bu seçilimin niçin yapılacağı sorusunun cevabı malesef yok. Çünkü birikimli seçilimi gerçekleştirecek bir mekanizma yok. Doğal seçilim fenıotipte var olananı seçeceğine göre "nötr mutasyonları" doğal seçilim ayıklamaz. O zaman nasıl oluyorda matematiksel olarak anlam ifadesi imkansız olan bir dizilim gerçekleşebiliyor? İşte bu sorular nedeniyle "evrim" i savunan her cümle kapalı olmak ayrıntıya girmemk mecburiyetindedir. Ayrıntıya girdiğinizde büyü bozulur ve tüm kurgu bir anda çelişkiye dönüşür. İşte aynı sebepten dolayı "evrim" delillerle değil kurgularla savunulur. Teoride "evrim" pratikte teoride kalmak şartıyla mümkündür. Pratiğin teoride kalmasından kasıt "olay(lar)ın" evrimi doğrulayacak şekilde gerçekleşmiş olmasıdır. Mutasyonların yararlarından bahsedip yaralı mutasyon örneklerinin olmayışının sebebi budur. Evrimi savunan bir çok kaynakta yararlı mutasyonlarında olduğundan söz edilir ancak örneklenmez.
Şimdi "kılkanatları" anlamayan malesef ben değilim. Kılkanatlar ortama mutasyonlar sonucu uyum sağlamış değillerdir. Burada gerçekleşen mutasyonların "etkisiz" kalmasıdır. Bu canlılar sert rüzgarlar nedeniyle uçmamaktadır. Uçmayan bu canlının kanadını kaybetmesi haliyle canlıya o ortam şartları içerisinde zarar vermemektedir. Ama genetik bilgi kaybı mevcuttur. Tanım gereği "nötr mutasyon"dur. Eğer tanımda "fenotipte ortaya çıkmayan " yada "çııkmamış" ibaresi varsa evet o zaman "nötr mutasyon" sayılmazlar. Yalnız tanıma "fenotipte ortaya çıkmamış" ibaresi koyarsanız peşinen bir belirsizliğide kabul etmek zorunda kalırsınız. Ortam şartları değiştiğinde ortaya çıkan özellik
ya hep vardı
ya da mutasyonlar sonucu oluştu
Eğer elinizde mutasyonları takip edebileceğiniz izler yoksa ki bildiğim kadarıyla yok o zaman "Schrödinger'in Kedisi" gibi bir belirsizlik doğacaktır. Kutıyu açıncaya kadar kedinin ölü yada canlı olduğunu bilmediğimiz gibi ortam şartları değişip populasyonda yeni ortama uyum sağlamış canlıları gözlemlediğimizde de "bu özellik var mıydı yoksa nötr mutasyon muydu" bunuda bilemiyeceğiz demektir. Belki tek hücrelilerin geniş zaman aralıklı DNA kayıtlarının karşılaştırılması bu konuda bir fikir verebilir.
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 379
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #4 :
29 Mart 2006 - 08:15:21 »
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Peki ilk örneğin muhatabı "tek hücreliler" olsun.
Neden tek hücreliler ortam şartları henüz değişmemişken farklı bir ortam için özellik saklaya bilirken "antibiyotik direncini" saklayamasınlar yada sahip olmasınlar? İki cümle arasındaki zıtlığı gidermeliyiz!..
"Antibiyotik direnci" yada "farklı sıcaklıklarda yaşayabilme" özelliğini milyonlarca yıldır (ilk günlerinden beri, hep) saklıyor olduklarını iddia eden sensin, ben değilim :). Bu özelliklere her zaman sahip olduklarını söylemedim ki, belirli bir süre önce, yani sonradan bu özellikleri mutasyonlarla kazanmışlardır diyorum ve sorduğum sorulara yanıt bekliyorum. Laboratuvarlarda spesifik ortamlara (antibiyotiklere, ağır metallere vb. karşı), şartlara direnci olmayan bakteriler sonradan nasıl direnç geliştiriyorlar? Mutasyonlar hep zararlıdır nasıl diyebiliyorsunuz?
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Tek hücreli bir canlıda iki farklı şarta uyum sağlama nasıl gerçekleşmiş olabilir.
Zamanında meydana gelmiş olan etkisiz=nötr mutasyon bu canlının yaşayabildiği sıcaklık bandını genişletmiştir; ama canlı diğer bireylerle birlikte stabil bir ortamda yaşamaya devam ettiği için etkisi görülmemiştir. Ne zaman ki sıcaklığın farklı olduğu bir ortama geçilmiş, o zaman mesela binlerce yıldır sakladığı (en baştan beri değil dikkat) bu etkisiz mutasyon etkisini göstermeye başlamış olur.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Şimdi burada örneğimizi gerçeğe birazdaha yaklaştıralım. Belirli sıcaklıklar değil sıcaklık aralıkları olsun. 20 ila 50
o
C arasında yaşayabilen bir bakteri -10 ila 50
o
C arasında yaşayabilir hale gelsin. Şimdi bir düşünelim bakalım neler değişmeli bu tek hücrelide bile..[/li]
[/list]
Evet, senden bekliyorum neler değişmeli bir öğrenelim bakalım?
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
İlk başta değindiğimiz zıtlığa gelince eğer 20-50
o
C de yaşarken -10
o
C de yaşayabilecek yapıyı kazanabilen yada bu yapıya en baştan beri sahip olabilirken antibiyotik direncine sahip olmasın? İlkine sahip olabiliyorsa ikinciyede pek ala sahip olabilirler.
Yukarıda söylediğim gibien baştan beri sahip olduğu fikri benim değil senin iddiandır. İlkine sahip olabilen ikinciye de sahip olabilir tabi ki; ama iddia ettiğiniz gibi en baştan beri değil belirli bir süreden beri bu özellik vardır.
Sorular düşmemiş oluyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Gelelim ikinci kısma yani labaratuar şartlarında "yeni özellik kazanımına" ; burada kullanılan mekanizmalar 1- doğada zaten var olan ve genetik çeşitliliği sağlayan mekanizmaların taklidi ( Konjugasyon ve virüsler gibi )
Hayır, hayır, hayır... Virüsler mi, ne diyorsun??? :) Ne virüsler ne de konjugasyon değil tamamen ilgisiz. Yapılan çalışmaları araştırmadığın belli oluyor. Söylediğin mekanizmalar doğada gerçekleşen ama laboratuvarlarda "evrim mühendisliği" ile ilgili yapılan çalışmalarda kullanılmayan metodlar. Kısaca anlatayım...
Üzerinde çalışılıcak bakteri kültürünün çoğaltılma işlemi her türlü kontaminasyondan (mikroorganizmalar ve virüslerin etkisinden korunması) etkilenmeyecek şekilde arındırılmış (virüsler gitti) bir şekilde bir besiyerinde
tek bir tane bakteriden
başlatılırak tek tip bakteri tipi (klonlar) elde edilir.
Bu
tek bakteri
(her yirmi dk. da bir bölünürler) binlerce jenerasyon geçecek bir şekilde bölünmeye ve çoğalmaya bırakılır. Bakteriler çok hızlı bölündükleri, hızlı bölünmelerinin sonucu olarak DNA'da bölünme esnasında meydana gelen hatalardan dolayı mutasyon oranı oldukça yüksek olduğundan bu geçen zaman içerisinde bir çeşitlilik meydana gelir (Çok hızlı bölünebildiklerinden ve çok sayıda jenerasyon elde edilebildiği için evrimsel çalışmalarda bakteriler kullanılmakta). Tabi bakteri için hayati öneme sahip DNA bölgelerinde değişim meydana geldiyse bu bakteriler ölüp gitmekte; ama etkisiz=nötr mutasyonlar ise saklı, sessiz, etkisiz kalmaktadır.
Belirli aralıklarla
hangi özel ortama dirençli hale getirilmeye çalışılıyorsa (mesela ağır metallerden çinkoya karşı) ortamlara verilir ve elde edilen bakteri kültürlerinde meydana gelen değişimler gözlenir.
Mesela, 1. 2. 3. ortamlardaki bütün bakteriler ağır metal zehirlenmesinden ölmüştür; ama 4. ortamdaki bakteri kültüründe yaşayan bakteri yada bakteriler bulunuyor (Bu ortamlardaki bakterilerin bir tek ata bakteriden türediğini unutmayalım). Tabi çok kısa kestiğim bu gözlemler o kadar kolay olmamakta, aylar geçen bir süre gerektirmektedir.
4. ortamdaki bu yaşayan bakteriler tüm şartları, içeriği aynı farklı bir besi yerine alınarak orada çoğaltılmaya bırakılır. Tekrar ağır metalimiz ortama veridliğinde ise bütüne yakın sayıdaki bakterilerin hayatta kaldığı görülür ve amaçlanan hedefe yani "çinko ağır metal"e karşı dirençli hale getirilmiş oluyorlar.
Bu yapılan çalışmalar doğada uzun süreler geçtikten sonra meydana gelen değişimlerin hızlandırılmışıdır, başka bir fark yok.
Ve de YÖNLENDİRİLMİŞ MUTASYON budur, senin verdiğin garip ve yanlış tanım değil!
Kısaca tekniğini açıklamaya çalıştığım laboratuvar koşullarında "ağır metallere direnç geliştirme" konusuna şimdi itirazın var mı?
Konjugasyon demişsin, ki bunu öne sürmenin bir anlamı yok. Konjugasyonla bakteride
halihazırda var olan karakterler
diğer bir bakteri hücresine aktarılır. Daha önce hiç olmayan bir özellik (ağır metal direnci) neye aktarılacak? Bu özellik kazandırıldıktan sonra konjugasyonla diğer bakterilere aktarım olabilir, bu ayrı.
Bu arada virüslerin genetik çeşitliliği artırdığına nasıl inanabiliyorsun, bunu da açıklarsan sevinirim. Canlılarda genetik çeşitlilik nasıl oluyor, mutasyonlar her zaman için genetik bilgiyi azaltıyorsa, bugün hayat nasıl var, canlı türleri kısa bir zaman içerisinde neden yok olup gitmemişler, bunların cevabını da alalım.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Mutasyonların ne olduğuna bakarsak neden zararlı olduklarınıda anlayabiliriz. DNA diziliminin değişmesi demektir mutasyon yani şu an okuduğunuz yazıdaki harflerin yerlerinin kayması gibi sonuç tabiki yıkıcı olacaktır.
Gözlemlenmiş bir çok faydalı mutasyon ve laboratuvarlarda yapılan çalışmalar iddianın aksini gösteriyor.
Eksik ve yanıltıcı bilgiler aktarıyorsun. Söylediğin gibi bir tahrip ancak "olmazsa olmaz" derecesinde hayati öneme sahip proteinlerin kodlarında değişiklik meydana gelirse gözlenir. Değil ise, proteinin yapısında küçük bir değişiklik meydana getirebilir, o proteinin farklı bir varyantını oluşturabilir.
DNA'yı saran "Histon" proteinleri DNA'yı korumak gibi hayati derecede bir öneme sahip olduklarından milyarlarca yıldır çok çok çok az bir değişime uğramıştır. İnek ve bezelye gibi çok çok çok farklı iki türde bile "Histon" proteinini kodlayan genetik şifrenin
sadece iki karakteri
farklıdır. Ama kanın pıhtılaşmasında rol oynayan fibrinopeptid proteinleri yada kan proteinlerinden "hemoglobinin" tür içinde ve farklı türlerde bir çok varyantı vardır ve bu moleküllerin kodunda meydana gelmiş küçük değişikliklerin pek önemsiz olduğu, bu küçük değişikliklerin birikmesiyle ise zamanla farklı farklı hemoglobin vb. moleküllerinin çıkmasına neden olmuştur.
Neden "hemoglobinde", "fibrinopeptid"lerde meydana gelmiş farklılıklar "Histon" da meydana gelmemiştir? Cevap apaçık değil midir?
Kaba bir örnek olacak ama; "şu an okuduğunuz yazıdaki harflerin yerlerinin kayması" cümlesinde "okuduğunuz" kelimesindeki "n" harfi "m" ye dönüştüğünde de dikkat edersen yeni bir anlam kazanıyor, anlamlıdır; ama komple bir kelime gittiğinde, mesela "harflerin" kelimesi gittiğinde tahrip olmaktadır. İlki faydalı mutasyon, diğeri ise zararlıdır.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
DNA dizilimi üserindeki rasgele değişikliğin anlamlı bir başka dzizlim oluşturmasını bekleniyor. Bu da yeterli değil değişiklikten önce var olan ve canlının kullandığı proteinin değiştirilmiş yada değişmiş olması canlının hayatını devam ettirmesine engel olmamalı.
Oluyor zaten, bu beklenen değil gözlenen bir durum. Küçük değişiklikler canlının hayatına devam ettirmesine engel olmayabiliyor. Cümlelerin bu konudaki bilgi eksikliğinden kaynaklanıyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
"Efendim bir gen dizilimindeki her nükluotit protein yapımına katılmaz mutasyon katılmayan bölegede oluşmuş ve birikmiş olabilir."
Böyle bir iddia yok, tamamen uyduruyorsun yada yarım yamalak biliyorsun :). Bütün lokuslar elbette yapıma katılıyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Evet bu mümkün ancak anlamlı bir dizilimin tek basamakta oluşması mümkün değilken çok basamakta oluşması "birikimli seçilim" olmaksızın mümkün mü? malesef değil.
Senin verdiğin örnek DNA değişikliklerinden sadece bir tanesinin hem de yararlı yada etkisiz değişikliğin meydana gelme olasılığının en düşük olduğu örnek, çünkü bir baz koptuğunda otomatik olarak tüm zincir de değişecektir (Nedense olasılığı en düşük olan örnekleri seçiyorsun). Ama nedense diğer mutasyon örneklerini unutuyorsun!? Bir bazın koptuğu yere başka bir baz gelebilir, trimer yapının yeri değişebilir, başka bir üçlü yapı gelebilir vb. Bu şartlarda önemli değişiklikler olmayabilir. Gene de bahsettiğin şekilde yararlı özellik katma olasılığı çok düşük olan yararlı mutasyon örnekleri var. İstersen örnek verebilirim, yeter ki iste.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
1000 nükliotitten oluşan DNA zinciri (çift) 2^1000 dizilimden yanlızca biridir ve bu dizilimin rastgele oluşabilmesi için ya "mucize" olması gerekir
Yaptığınız bu olasılık hesaplarının
hiç bir geçerliliği yok
, tamamen yanıltmaca, nedenlerini başka bir başlıkta tartışırız.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
"Henüz Fenotipte açığa çıkmamış mutasyonların" ne yada kim tarafından seçileceği ve bu seçilimin niçin yapılacağı sorusunun cevabı malesef yok.
:))) Bu başlıktaki ilk iletide cevabı verilmiş. Kimsenin seçtiği felan yok, anlamsız sorular soruyorsun ne yazık ki. Somut bir örnek olması için "ağır metal dirençli bakteriler"i örnekleyelim. Bir kaç ay önce bu özelliklere sahip olmayan bakteriler arasından dirençli bakterileri kim yada ne neden seçti??? Bunlar komik sorular...Her şey doğal seleksiyon mekanizması sonucu kendiliğinden seçiliyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Doğal seçilim fenıotipte var olanı seçeceğine göre "nötr mutasyonları" doğal seçilim ayıklamaz.
Nötr mutasyon kendini gösterecek bir ortam oluşmadığından genotipte saklı kalır ve diğer var olan karakterlerle birlikte nesilden nesile aktarılır, bu kadar basit!
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
O zaman nasıl oluyorda matematiksel olarak anlam ifadesi imkansız olan bir dizilim gerçekleşebiliyor? İşte bu sorular nedeniyle "evrim" i savunan her cümle kapalı olmak ayrıntıya girmemk mecburiyetindedir. Ayrıntıya girdiğinizde büyü bozulur ve tüm kurgu bir anda çelişkiye dönüşür. İşte aynı sebepten dolayı "evrim" delillerle değil kurgularla savunulur....Evrimi savunan bir çok kaynakta yararlı mutasyonlarında olduğundan söz edilir ancak örneklenmez.
Ayrıntıya girdikçe veremeyeceğiniz cevap sayısı artmakta, evrimbilimciler her şeyi ayrıntılı olarak anlatmakta; ben kendim dahi ayrıntıları öğrenmeye başladıktan sonra evrim karşıtlığından evrim gerçeğine yöneldim. Deliller apaçık, sadece anlamamazlıktan geliniyor. Sadece laf kalabalığı yapıyorsunuz. Kurgu, modelleme her disiplinin kullandığı bir yöntemdir. Yararlı mutasyon örneklerine yeni bir başlıkla cevap veririm nasipse.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Eğer tanımda "fenotipte ortaya çıkmayan " yada "çııkmamış" ibaresi varsa evet o zaman "nötr mutasyon" sayılmazlar. Yalnız tanıma "fenotipte ortaya çıkmamış" ibaresi koyarsanız peşinen bir belirsizliğide kabul etmek zorunda kalırsınız. Ortam şartları değiştiğinde ortaya çıkan özellik
ya hep vardı
ya da mutasyonlar sonucu oluştu
Verdiğin örnek nötr mutasyona örnek değildir, "fenotipte ortaya çıkmayan" denilmesine gerek yok, zaten ismi üstünde nötr=etkisiz davranmakta, fenotipte kendini göstermemekte ta ki ortam koşulları değişip canlının tepki vermesine kadar.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Eğer elinizde mutasyonları takip edebileceğiniz izler yoksa ki bildiğim kadarıyla yok o zaman "Schrödinger'in Kedisi" gibi bir belirsizlik doğacaktır. Kutıyu açıncaya kadar kedinin ölü yada canlı olduğunu bilmediğimiz gibi ortam şartları değişip populasyonda yeni ortama uyum sağlamış canlıları gözlemlediğimizde de "bu özellik var mıydMutasyonları takip ı yoksa nötr mutasyon muydu" bunuda bilemiyeceğiz demektir. Belki tek hücrelilerin geniş zaman aralıklı DNA kayıtlarının karşılaştırılması bu konuda bir fikir verebilir.
Mutasyonların izi "moleküler saat" denilen yöntemlerle takip edilebiliyor.
Bir canlıdaki antibiyotik direnci gibi bir özellik en baştan beri olamaz, bütün bu varyantları genomunda milyonlarca yıldır saklayamaz, bu yüzden mutasyonların etkisiyle zamanla diğer kazanılan özellikler ortaya çıkarak varyasyonlar, daha ileri derece yeni yeni alt türler ve nihayet türler oluşturur.
«
Son Düzenleme: 29 Mart 2006 - 08:39:34 Gönderen: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
»
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #5 :
30 Mart 2006 - 00:46:02 »
Öncelikle iletişim sorunumuzun olduğu açık. Malesef ben söylemek istediğimi aktaramıyorum. Virüslerden bahsetmemin sebebi virüzlerin genetik çeşitliliği artırması değil, bilakis virüsün kendini kopyalamak için kullandığı mekanizmanın taklit edilmesi. Yani bir canlıya bir DNA parçasının enjekte edilmesi.
Diğer taraftan labaratuar şartlarının önemi herkesçe malum. Bunun için denyleri biraz ayrıntılı olarak vermenizi istedim. Şimdi merak ettiğim bir diğer soruyu soruyorum bu deneyle ilgili.
İzole edilmiş kültür ortamında mutasyon oluşumuna etki edecek, hızlandıracak, yada yönlendirecek, her hangi bir etmen bulunuyor mu? Şayet bulunuyorsa bunlar ne kadarlık bir sapmaya sebep olurlar? Bu konu tartışılmış mıdır?( birden fazla soru oldu :utangac: )
Şimdi gelelim benim anlamadığım konuya. Bir dizilim var elmizde ve bu dizilim üzerinde her 3 baz bir amino asidi temsil etmekte. 4x4x4=64 farklı 3'lü baz dizilimi söz konusu ( yönden bağımsız ) ve bunların oluşturduğu bütünde 20 çeşit amino asidin belirli sıralayla oluştırduğu protein yapıu var. 20 çeşit amino asitten 1 tanesi bir başkasıyla değişse protein yapısı bozulur mu? Yeri değişse bozulur mu? benim bildiğim kadarıyla bu soruların genel cevabı evet. Peki şimdi noktasal mutasyonu alalım. Sadece tek bir noktasal mutasyon gerçekleştiğini düşünelim ki bu sık rastlanan bir mutasyon türüdür.
ASG yerine ATG olabilir ve bu farklı bir amino asidi temsil edebilir. Bunun yanında aynı amino aside ait farlı şifrede olabilir. Biz farklı bir amino asidi temsil etmesi durumunda nelerle karşılaşırız bunu müşahade etmeye çalışalım. Protein zincirende tek bir amino asidin değişmiş olması bu proteini farklı isimlendirmemiz için yeter şarttır. Burada yine iki ihtiamal karşımıza çıkmakta.
Protein dizilimindeki değişiklik proteinin genel işlevsel özelliklerini çok büyük oranda değiştirmez ve işlem yeni proteinle devam eder.
Protein yapısı tümüyle değişebilir. Bu durumda neler olacaktır?
Eğer birinci seçenek gerçekleşirse yeni varyantla devam edr hayat. İkinci seçenek gerçekleştiğinde iki sorun doğurur.
İlk sorun yeni oluşan proteinin canlıya zarar verip vermiyeceği
Diğeri de değişen proteinin işlevinin nasıl yerine getirileceği. İlk proteinin işlevi hayati olmasabile öenmsiz değildir şüphesiz.
Buraya kadar bir noktasal mutasyon sonucunda oluşabilecek durumları tespit etmeye çalıştık. Proteinin değişmesi farklı bir proteine dönüşmesi görüldüğü gibi başlı başına bir sorundur. Eğer bu canlı çok hücreli ise vücut hücrelerindeki mutasyonlar kanser oluşturmadıkları sürece bünye tarafından bertaraf edilecekler ve aktarılmayacaklardır. Eğer eşey hücrelerinde meydana gelmişlerse ya dölleme imkanından yoksun kalacaklar ayıklanacaklar yada bir başka nesile aktarılacaklardır. Canlı çok hücreli ise noktasal mutasyonlar bile fazlasıyla tehlikelidir. Kompleks yapı içerisinde bir işlemin yerine getirilememesi ciddi sıkıntılar doğurur. Diğer taraftan "kompleks" yapı birden fazla değişimin aynı zaman diliminde gerçekleşmesi gerekliliğini ortaya koyar.
Şimdi ben burada "dış gebelik" ten bahsetmek istiyorum. Dış gebelik döllenmiş yumurtanın folikül tüplerinden rahme sürüklenmeyip zigotun folikül tüplerinde gelişmesi sonucu oluşan bir rahatsızlıktır. Ameliyatla durum düzeltilmez ise sonu malesef çok şiddetli ağrılara katlanarak ölümü tatmaktır. Büyüyen zigot zamanla folikül tüplerine baskı uygulmakta ve parçalamaktadır. Şimdi iç döllenme dış doğum ile üreyen (yumurtlayan) sürüngen ve kuşlardan memelilere nasıl ve hangi evrim mekanizmasıyla geçildiğini düşünelim.
Döllenmeden sonra zigot rahme kadar taşınmalıdır. Bu işlevi tüycükler (silya) üstlenmiştir ve tek yönlü salınım hareketleriyle zigotu rahme taşırlar. Şimdi bu yapının olmadığı durumda canlının yaşaması mümkün değilken ve bu tüycükler eş zamanlı salınım hareketini kusursuzca gerçekleştirirken ve olmaları gereken yerde iken hangi evrim mekanizmasının bunu gerçekleştirdiğini açıklamak durumundayız. Diğer taraftan rahmin plasentanın zigotun rahme tutunmasını sağlayan enzimlerin, rahmi düzenleyen enzimlerin, süt bezi ve süt salgısıyla görevli hormon ve enzimlerin, doğumu gerçekleştirecek kas guruplarının ve yapıların aynı zaman dilimi içerisinde nasıl evrimleştiğini açıklamak yada beklemek mümkün mü acaba? Nötr mutasyonlar belki devreye girebilir, burada ama kaç farklı nötr mutasyonun doğru gerçekleşmiş olması ve tüm bunlar olurken önceki yapının korunmuş olması gerektiği düşünüldüğünde "evrim" imkansızdır!!!!!!
Şimdi senden istirhamım, alıntı yaparken cümlelerimi bölmemen, yazımı didikelyip sağından solundan kırpmadan net alıntılar yapman, "bilgin yok", " anlamıyorsun" gibi nahoş cümleler kurmadan konuyu çözümlemeli olarak analiz ederek değerlendirme yaparak polemiğe girmeden tartışman olacak. Saygılarımla....
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 379
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #6 :
30 Mart 2006 - 03:11:20 »
İlk önce şunu belirterek başlayayım. Yazılarını sağdan soldan kırparak alıntıladığım gibi bir söylem de bulunmuşsun. Dikkat edersen mesajlarını en baştan sırayla kimi zaman cümle cümle kimi zaman paragraf paragraf inceliyorum. Belirttiğin gibi bir durum yok. Yanlış anlaşıldığını yada yanlış anladığımı söylüyorsan daha açık bir şekilde savını yinelersen tartışmaya devam edebiliriz.
İkinci olarak da şunu söyleyeyim. Yazılarında bazı şeyleri anlatıyorsun; ama ne yazık ki yanlış yada eksik bilgilerin olduğunu gördüğümden bu şekilde bir üslup kullandım. Anlamadığın için seni eleştirdiğim bir nokta yok.
Madem polemiğe girmek istemiyorsun, evrimin bir büyü, bir kurgu olduğu gibi tartıştığımız konu hakkında gereksiz cümleler kurmayıp, konuyla ilgili görüşlerini direkt olarak bildirip karşı tezi beklemeni istiyorum. Kırdıysam özür diliyorum bu şekilde yazmamaya çalışacağım şayet sen de belirttiğim hususa dikkat edersen. Umarım anlaştık?
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Virüslerden bahsetmemin sebebi virüzlerin genetik çeşitliliği artırması değil, bilakis virüsün kendini kopyalamak için kullandığı mekanizmanın taklit edilmesi. Yani bir canlıya bir DNA parçasının enjekte edilmesi.
Ne yazık ki laboratuvarlarda gerçekleştirilen deneylerde verdiğin mekanizmalar taklit edilmiyor, ne şekilde gerçekleştirildiğini önceki iletimde kısaca açıkladım. Yani bahsettiğin mekanizmalar örneğin "Genetiği değiştirilmiş organizma" eldesinde kullanılan yöntemler, "Evrim mühendisliğinde, yönlendirilmiş mutasyoslarda" kullanılmıyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Diğer taraftan labaratuar şartlarının önemi herkesçe malum. Bunun için denyleri biraz ayrıntılı olarak vermenizi istedim. Şimdi merak ettiğim bir diğer soruyu soruyorum bu deneyle ilgili.
İzole edilmiş kültür ortamında mutasyon oluşumuna etki edecek, hızlandıracak, yada yönlendirecek, her hangi bir etmen bulunuyor mu? Şayet bulunuyorsa bunlar ne kadarlık bir sapmaya sebep olurlar? Bu konu tartışılmış mıdır?
Önceki iletimde sorularının cevabını kısa bir açıklama olmasına rağmen vermiştim.
Söylediğim gibi bakteriler hızlı bölünüp, hızlı çoğaldıklarından ve çok hızlı mutasyona uğradıklarından evrimsel değişimlerini gözlemlemek daha kolay oluyor. Örnek vereyim, ml başına 3 x 10
8
hücre olan bir bakteri kültüründe bir gün sonunda DNA'da bölünme sırasında meydana gelen hatalrdan dolayı 7.5 × 10
6
mutant gen elde edilebiliyor. Aylarca sürecek olan deneylerde işte bu çok sayıdaki mutant bakteriler elde ediliyor ve direnç geliştirmeleri sağlanıyor. Kısaca deneyin amacı bundan ibaret.
Söylediğin şekilde mutasyon oluşumuna etki edecek, hızlandıracak, yönlendirecek ayrı bir etmen yok, olsa DENEYin AMACIndan uzaklaşılmış olur.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Şimdi gelelim benim anlamadığım konuya. Bir dizilim var elmizde ve bu dizilim üzerinde her 3 baz bir amino asidi temsil etmekte. 4x4x4=64 farklı 3'lü baz dizilimi söz konusu ( yönden bağımsız ) ve bunların oluşturduğu bütünde 20 çeşit amino asidin belirli sıralayla oluştırduğu protein yapıu var.
20 çeşit amino asitten 1 tanesi bir başkasıyla değişse protein yapısı bozulur mu? Yeri değişse bozulur mu?
benim bildiğim kadarıyla bu soruların genel cevabı evet.
Hayır, bozulmak zorunda değil. Bugün "Proteinlerin evrimi" üzerine yayımlanmış onlarca makale, kitap var. İşin ayrıntısına girdiğimizde durumun bizim düşündüğümüzde farklı olduğu görülüyor. Çünkü işin içine derin biyokimya ve organik kimya bilgisi giriyor. Bu konu üzerine araştırma yapmaya çalışıyorum; ama henüz çok iyi bir organik ve biyokimya bilgim olmadığından anlamakta zorluk çekiyorum. Ama anladığım kısımları bir kaç cümleyle söylemek gerekirse:
Proteinlerin sabit, kesin değişmez bir yapıları var değil. Proteinlerin öyle bölgeleri var ki, bu bölgelerdeki hemen hemen bütün aminoasitler başka amino asitlerle değişiklik yapsa bile protein yapısında bozukluk meydana gelmiyor, protein stabil (kararlı) yapısını koruyabiliyor. Bu nasıl oluyor diyeceksiniz? Proteinlerin substratı etkilediği aktif bölgesi haricinde kalan bölgelerinde yüklü bir aa, yüklü başka bir aa ile; yüksüz bir aa, başka yüksüz bir aa ile; hidrofobik (suyu sevmeyen) bir aa, başka hidrofobik bir aa ile proteinin yapısına zarar vermeden değişiklik yapabiliyor. Çünkü proteinlerin bu bölgeleri olmazsa olmaz derecesinde hayati öneme sahip yer ve görevlerde değiller.
Mesela, protein 3 boyutlu yapısına kıvrılacaksa ve bunun için de iki zıt yüklü (+, -) aa'nın zayıf interaksiyonla bir araya gelmesi gerekiyorsa 20 aa içerisinden yüklü olan aa'lardan herhangi birisinin oraya gelmesi hiç bir şeyi değiştirmez. Diğer + yüklü aa'nın yaptığını bir diğer + yüklü aa da yapabilir. Fonksiyonel olarak aynı görevi yapan proteinlerin %30-50'ye varan oranlarda aa farklılığı var (Bir maya hücresinde X işlevi ile ilgili bir proteini bir insana naklettiğimizde sorunsuzca çalışabilmektedir, farklılığa rağmen). Bu durum da, spesifik bir reaksiyona ilişkin proteinin farklı varyasyonlarını ortaya çıkarabiliyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Peki şimdi noktasal mutasyonu alalım. Sadece tek bir noktasal mutasyon gerçekleştiğini düşünelim ki bu sık rastlanan bir mutasyon türüdür.
ASG yerine ATG olabilir ve bu farklı bir amino asidi temsil edebilir. Bunun yanında aynı amino aside ait farlı şifrede olabilir. Biz farklı bir amino asidi temsil etmesi durumunda nelerle karşılaşırız bunu müşahade etmeye çalışalım. Protein zincirende tek bir amino asidin değişmiş olması bu proteini farklı isimlendirmemiz için yeter şarttır.
Meydana gelen bu mutasyonla (tek bir değişimle) proteinimiz işlevini sürdürebiliyorsa ve hücre içinde bir devamlılık sağlarsa bu artık bu X proteinin bir versiyonu olarak kalır.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Burada yine iki ihtiamal karşımıza çıkmakta.
Protein yapısı tümüyle değişebilir. Bu durumda neler olacaktır?
İlk sorun yeni oluşan proteinin canlıya zarar verip vermiyeceği
Diğeri de değişen proteinin işlevinin nasıl yerine getirileceği. İlk proteinin işlevi hayati olmasabile öenmsiz değildir şüphesiz.
Mutasyon proteinin aktif bölgesiyle ilgili aa'ları etkileyecek bir değişikliğe neden olduysa bu hücre için zararlı olacaktır ve hücre vücutta tutunamayıp, yaşayamayıp ölecektir.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Buraya kadar bir noktasal mutasyon sonucunda oluşabilecek durumları tespit etmeye çalıştık. Proteinin değişmesi farklı bir proteine dönüşmesi görüldüğü gibi başlı başına bir sorundur.
Tekrar edelim, sorun oluşturuyorsa canlı elimine olacaktır; sorun oluşturmuyorsa canlı proteinin yeni versiyonuna da sahip olarak hayatına devam edecek ve bu değişiklik (değişiklik eşey hücrelerinde meydana gelmişse) nesilden nesile aktarılacaktır.
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #7 :
31 Mart 2006 - 04:28:27 »
Alıntı sahibi: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç üzerinde 30 Mart 2006 - 03:11:20
Tekrar edelim, sorun oluşturuyorsa canlı elimine olacaktır; sorun oluşturmuyorsa canlı proteinin yeni versiyonuna da sahip olarak hayatına devam edecek ve bu değişiklik (değişiklik eşey hücrelerinde meydana gelmişse) nesilden nesile aktarılacaktır.
Şimdi bu noktaya kadar hem fikiriz. Bu noktada varyantları oluştıran mutasyonları "yararlı mutasyon" olarak kabul etmekte mümkün. Bunlar elimizdeki yaralı mutasyon örnekleri olsun.
Evrim için asıl sorun mutasyonların etkisinin varyasyonlarla sınırlı kalmasında. Türün sahip olabileceği genetik çeşitlilik diğer bir değişle gen havuzu sınırlı kalmakta. Canlının evrilerek yeni canlı oluşturması sürüngenden kuşa geçiş yada yukarıdaki örneği devam ettirecek olursak yumurta ile dışarıda gelişimden memelilere geçişte farklı protein yapılarına ihtiytacımaz var. Şimdi bu proteinler nasıl oluşacak sorusuna cevap bulmamız gerekiyor. Protein asıl işlevinin dışına çıktığında canlı hayatta kalamıyor ancak yeni işleve sahip proteinin oluşması gerekiyor ki bir tür başka bir türe dönüşebilsin. Şimdi elimizde X proteini olsun yeni oluşacak proteinide X' ile gösterlim. Canlılıkta kesinti olamıyacağı için bir dönem hem X hem de X' proteininin beraber var olama zorunluluğu var. Ancak elimizde iki değil tek dizilim var ve bu dizilimden ya X yada X' proteini sentezlenecek. X' proteini sentezlenirse X proteinin yokluğunda canlı hayatta kalamayacak ve dolayısıyla yeni nesile aktarma imkanı bulamıyacak. Bu takdirde mutasyonun etkisi sona erecek ve tekrar başa dönmüş olacağız. Biraz daha genellersek hem rahme hemde kabuklu yumurta üretecek yapıya sahip bir canlı olacak. Bu canlıda diğer bireylerden fazla sayıda gen bulunması gerekiyor. Oysa sabit sayıdaki genin mutasyonlar sonucu değişiminden bahsediyoruz.
Biz burada diğer bir ihtimali ikizlenmeyi alalım. Bir veye daha fazla kromozomun fazladan bulunması gibi. "Kliniferter erkek" "süper dişi" gibi fazladan koromozom taşıyan bireyler olsun populasyonumuzda, ve var olan durumun aksine bu bireyler sağlıklı olsun. Bu bireylerin aynı kromozomlarından birinde X proteinine ait gen X' proteinine dönüşsün diğer kromozom üzerindeki X proteini sabit kalsın. Şimdi istediğimiz şeye ulaşmış olduk. Hem X hem de X' aynı canlıda aynı anda varlar. Bunun yanına populasyonda bu bireyler kaybolmasın ve diğer genlerdede değişikleikler oluşarak rahmi oluşturacak tüm genler zaman içerisinde oluşsun. Burada bir sorunla daha karşılaşırız. Hangi kromozom aktif olarak yönetime katılacaktır. Burada tüm değişikliklerin tek kromozom üzerinde olma zorunluluğu da var bunuda dikkatize sunarım. Eğer eş her iki kromozom üzerindede değişim olursa birinde X X' ne dönüşürken diğerinde Y Y' dönüşürse daha sonra fazla olan kromozomun düşmesi sorun oluşturacaktır. Bu sorununda parça değişimiyle aşıldığını DNA üzerindeki parçaların yer değiştirdiğini var sayalım. Tüm bu varsayımlarımıza rağmen halde bir sorunumuz daha var. Malesef yeni sistemi oluşturacak genlerin hepsi aynı kromozom üzerinde bulunmuyor. Canlının kromozom sayısının iki katına çıkması ise kabul edilebilir bir durum değildir.
Burada tüm varsayımlarımızın çok küçük hatta "0" olan ihtimalleri,n gerçekleşmesine dayandığınıda göz önünde bulundurursak tüm sınırları zorlamamıza rağmen bir başka yapıya geçemiyoruz. Ben tüm bunlar ışığında "evrim" in imkansızlığını bir kez daha vurgulamak istiyorum. Bir canlını kendisinde bulunmayan bir özelliği mutasyonlar sonucu kazanması mümkün değildir. Bir başka değişle canlıların değişebilirliği sonsuz olmayıp sınırlıdır. Alttan ve üstten sınırlanmış bir sistem kendisinin dışına çıkamaz.
Bu durunma en iyi örnek ışık hızıdır. Madde için ışık hızı üst sınır değerdir ve bu hızın üzerine çıkması mümkün değildir. Bu çekim alanını çok büyük bir hızla savuran karadeliğin etki alanının R yarıçapınadaki nokta içinde geçerlidir. Evet savrulan alan yüksem çekim kuvveti etkisiyle akışkanlığını kaybetmiş ve rijit cisim davranışı göstermeye başlamıştır. Ancak öyle bir R yarı çapı vardır ki bu noktada bulunu parçacığın hızı 0.999 c ye ulaye ulaşabilir bu noktadan sonra alan tekrar akışkan özelliği kazanır. 1.001 c lik hız da artık karadelik çekme değil itme kuvveti uyguluyacaktır ki bu da parçacığı çekim alanının dışına iter. İşte burada olduğu gibi canlılardaki değişimde sınırlı olup bir türün başka bir türe dönüşmesi mümkün değildir. Bu noktadan sonra canlılığı ve canlılardaki çeşitliliği açıklamak için bire başka kurama ihtiyaç vardır.
Sonuç olarak mutasyonların birikerek bir türü başka bir türe dönüştürmesi imkansızdır. İmkansız zamandan bağımsız bir kavram olup milyar yıllık süreçler gerçeği değiştirmiyecektir.
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 379
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #8 :
03 Nisan 2006 - 05:40:11 »
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Şimdi bu noktaya kadar hem fikiriz. Bu noktada varyantları oluştıran mutasyonları "yararlı mutasyon" olarak kabul etmekte mümkün. Bunlar elimizdeki yaralı mutasyon örnekleri olsun.
Bu gerçekten iyi bir gelişme, mutasyonların genetik bilgiyi artıramayacağını iddia ediyordun.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Nötr mutasyonların evrimleştirici etkisi olamaz. Mutasyonlar yapıları gereği genetik bilgiyi artırmaz azaltırlar
Halbuki varyasyonlar birer genetik çeşitliliktir ve mutasyonlarla meydana çıkmak zorunda, başka alternatif yok. Tür içerisinde meydana gelen mutasyonlar populasyonun gen havuzundaki genetik çeşitlilik artırır.
Tür içerisinde mutasyonlar sonucu çeşitliliğin olabileceğini kabul ediyorsak bunun 1000 adım daha ötesini düşünmemek için hiç bir neden yok. Bir kaç yüz yada bin yılda tür içinde meydana gelen bu varyasyonlar, milyonlarca yılda bu çeşitliliklerin birikmesiyle, farklılaşmanın daha da fazlalaşmasıyla alt türler ve nihayet yeni yeni türlerin oluşmasına neden olmaktadır.
Binlerce yılda mutasyonların birikmesi sonucu farklı özelliklere sahip populasyon içerisindeki bireyler zamanla populasyonda frekansını artırarak baskın hale gelebiliyorlar yada coğrafik izolasyonlarla, farklı yerlere yapılan göçlerle türleşmenin kapısı aralanıyor. Binlerce yılda bu biriken değişimler yeni nesilleri ata türden iyice uzaklaştırıyor, ata türün bireyleriyle yapılan çiftleşmeler verimsiz döl vermeye başlıyor. Bu artık yeni bir türün oluştuğunu gösterir. Tabi burada insan aklının alamayacağı kadar uzun binlerce, milyonlarca yıldan bahsediyoruz.
Aynı türün farklı ortamlarda yetişen bireyleri farklı koşullarda zamanla (binlerce, onbinlerce yıl) daha farklı özellikleri geliştirir ve bu değişimlerin birikmesi zamanla ata türle çiftleştirildiğinde verimli döl oluşturamayacak yeni bir türün, türlerin oluşmasına neden olur. Örnek olarak İspanya
soreks
leri
ve Moğolistan sorekslerini verebiliriz. Farklılaşma o derece artmış ki artık çiftleştirildiklerinde verimli döl veremeyecek duruma gelmişlerdir. Bu da zamanında bu iki soreks türünün ortak ata soreks populasyonundan ayrılmalarla yada coğrafik izolasyonla olmuştur.
Birkaç yüzyıl yada bin yıl içinde etrafımızda gördüğümüz çeşitli köpek türleri (fino, buldok vb.) meydana geldi. Bütün bu köpeklerin bir kurttan evirilmesi için geçen süreyi 1 adımda düşünelim. İlk dik yürümeye başlamış insanların olduğu dönem bizden 3200 m uzakta olacaktır, dünyada canlılığın başladığı dönem ise Londra’dan Bağdat’a kadar bir uzaklık gerektiriyor, düşünebiliyor muyuz bu kadar uzun bir süreyi, aklımız alabiliyor mu, ve bu kadar uzun bir süreçte evrimsel bir sürecin yaşandığını habul etmek neden zor geliyor bizlere?
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Şimdi elimizde X proteini olsun yeni oluşacak proteinide X' ile gösterlim. Canlılıkta kesinti olamıyacağı için bir dönem hem X hem de X' proteininin beraber var olama zorunluluğu var. Ancak elimizde
iki değil tek dizilim var
ve
bu dizilimden ya X yada X' proteini sentezlenecek
. X' proteini sentezlenirse X proteinin yokluğunda canlı hayatta kalamayacak ve dolayısıyla yeni nesile aktarma imkanı bulamıyacak. Bu takdirde mutasyonun etkisi sona erecek ve tekrar başa dönmüş olacağız.
Şimdi, burada yaptığın yanlışa bakalım. Evet, elimizde tek dizilim var ve bu dizilimden de bir tek protein zinciri elde edilecek. Ama sen olayı populasyon içerisindeki tek bir bireyde düşünüyorsun. X bireyi zaten mutasyon geçirmiş, sahip olduğu X proteinini kodlayan spesifik genetik dizilim değişerek X' proteinin üretilmesine neden olmuş olur. Bu birey bu protein kendisine yarar sağladığı için kullanacaktır ve nesilden nesile artık aktaracaktır ve populasyonda sayısını zamanla artıracaktır.
X ve X' proteinlerinin dizilimleri tek bir bireyde bir arada bulunmayacak, populasyonun gen havuzunda olacaktır.
Dolayısıyla populasyona bir çeşitlilik daha eklenmiş olacaktır. Bireyler değil, populasyonlar evrimleşmekte.
Bir de şu kısmı düzeltelim. X' proteini, X proteinin küçük bir değişiklikle modifiye olmuş halidir, işlevsel olarak çok farklı değiller. Farklı olsa o zaman söylediğin gibi X proteinin eksikliğinden kaynaklanan bir sorun olacaktır ve bunun yararlı bir etki olduğu düşünülemez.
«
Son Düzenleme: 03 Nisan 2006 - 05:46:18 Gönderen: Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
»
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 302
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #9 :
04 Nisan 2006 - 00:09:52 »
Temel prensip olarak yeni canlı yapıları yeni proteinler demektir ve bunlar birden fazladır. Eğer mutasyonlarla canlı yapısına zarar vermeden yeni proteinler oluşturamıyorsanız, evrim imkansız demektir. Yeni proteinler oluşmalı ki yeni ypılar yeni sistemler oluşabilsin. Tek hücreli yapıdan çok hücreliye geçtiğinizde birde hücreler arası koordinasyonun sağlanması ve buna yönelik yapıların olşması gerekmektedir. Hem hücrelerdeki yeni yapılanma hemde yeni ihtiyaç duyulan sistem daha önce var olmayan protein yapıları gerktirir ki bu bir şekilde sağlanmalı. Modifiye edilmiş proteinler bu noktada yetersizdir. Kaldıki bu modifikasyon geniş bir yelpazede değil dar bir çerçevede gerçekleşebilir. Daha öncede belirttiğim gibi canlılardaki değişebilirlik sınırlı olup, sonsuz farklı seçeneği gerçekleştiremez. Canlıların yapılarında bulunnan protein sayılarının değişikliği, çeşitliliği bu nokta da dikkate alınmak zorundadır. Bu nedenle canlı yapısına zara vermeden yeni proteinler oluşturmaksızın "evrim" yoluna devam edemez.
Logged
"Ne içindeyim zamanın, Ne de büsbütün dışında; Yekpare geniş bir anın Parçalanmış akışında," A.Hamdi TANPINAR "Murdar bir halden muhteşem bir maziye kanatlanmak gericilikse, her namuslu insan gericidir..." Cemil MERİÇ
Alp Eren H.A.lî.M Kılıç
Global Moderator
Uzman Üye
Offline
Mesaj Sayısı: 379
Ynt: Nötr Mutasyonlar
«
Yanıtla #10 :
04 Nisan 2006 - 09:37:24 »
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Temel prensip olarak yeni canlı yapıları yeni proteinler demektir ve bunlar birden fazladır.
Sanırım, olayı çok kısa bir süre içerisinde düşünüyorsun. Bu yapılar eğer meydana geliyorsa çok kısa bir süre içerisinde meydana gelmiyor ki. Türleşmenin nasıl meydana geldiği üzerine soreks hayvanını örnek olarak verdim. Neden artık çiftleştiklerinde verimli döl veremez hale gelmişler? Bu kısa bir sürede meydana gelmiş bir olgu değil, bunu anlatmaya çalışıyorum. Her şey kademe kademe ilerliyor.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Tek hücreli yapıdan çok hücreliye geçtiğinizde birde hücreler arası koordinasyonun sağlanması ve buna yönelik yapıların olşması gerekmektedir. Hem hücrelerdeki yeni yapılanma hemde yeni ihtiyaç duyulan sistem daha önce var olmayan protein yapıları gerktirir ki bu bir şekilde sağlanmalı.
Bugün
tek hücreli oldukları halde
çok hücreli yapılar meydana getirebilen, geçebilen, organizasyonlu yapılar mevcut.
Alıntı sahibi: İhsan Esentürk
Modifiye edilmiş proteinler bu noktada yetersizdir. Kaldıki bu modifikasyon geniş bir yelpazede değil dar bir çerçevede gerçekleşebilir.
Evet, söylediğin gibi; düşünmen gereken bunun bir adım ötesi, milyon yılda kademe kademe daha geniş bir çerçeve ortaya çıkıyor.
Neyse sanırım aynı şeyleri tekrar tekrar anlatmaya başladık :)
Logged
AHHA!
İhsan Esentürk
Uzman Üye