Araştırmanın nerede ne zaman yayınlandığı konusunda bir bilgi var mı? Ona göre tartışmak lazım...

Sayın Erdal Ekrem, alıntılanan yazı "Sızıntı" dergisi ya da benzeri sitelerde yayımlanmış.

Orjinal makaleye bu zincirden ulaşabilir ve yapılan çarpıtma, yanıltmaları kendi gözlerinizle (İngilizceniz iyi ise) görebilirsiniz.

Arkadaşlar, eğer bir makaleye atıfta bulunulmuşsa lütfen orjinal metinden orjinal cümleleri okuyunuz ya da orjinal ifadeleri isteyiniz, geri kalanlara (özellikle de yanlı iseler) itibar etmeyiniz.

Gelişmeleri kaynağından -yorum ya da yanıltmaca olmadan- takip etmek istiyorsanız bilimsel makalelerin yayımlandığı "Pubmed", "Nature" gibi arşiv sitelere uğrayabilirsiniz.

Acaba makale okundu mu? Okuduğunuza emin misiniz?

Alıntılanan "Özet (Abstract) kısımda" ne anlatılıyor?

Bu makaleye göre İnsan ile Şempanze türü arasındaki "tüm genom farklılığı" ne kadardır, sizin anladığınız nedir (% 83 mü ?), bu konuda bilgi verilmiş midir ki %98'lik benzerliğe karşı çıkıyorsunuz? Makalede yapılan (birbirini karşılayan kromozomların karşılaştırılması) çalışmayla % 98'lik genom benzerliğini, iki ayrı çalışmayı nasıl ilişkilendirebiliyorsunuz?

Şempanze-İnsan genomu karşılaştırmalarını okumak istiyorsanız aşağıda isimlerini anacağım kişilerin makalelerine bakabilirsiniz.

Makalede Şempanzenin 22. kromozomundan ve bunun "insandaki karşılığı" olan 21. kromozom (Şempanzelerin iki kromozomu insanda bir kromozom olarak, kaynaşık bir şekilde durmaktadır) karşılaştırmasından bahsediliyor. Böyle bir karşılığı kabul ediyor musunuz ki çalışmayı da kabul edip refere ediyorsunuz?


Makalede böyle, % 83 gibi farklılık vardır mı deniliyor, yoksa..

"Indeed, 83% of the 231 coding sequences, including functionally important genes, show differences at the amino acid sequence level"

"Protein kodlayan 231 sekansın % 83'ü aminoasit farklılıkları göstermektedir" mi deniliyor?

Yani, basitçe örnek vermek gerekirse, 100 tanenin 83'ü farklı değil, 100 tane 100erlik grubun 17 tanesi tıpatıp aynı dizilimde; fakat diğer 83 grup farklılıklar göstermekte.

Şu cümle de aynı makalede geçiyor, buna ne diyeceksiniz?

"For those 179 genes, the average nucleotide and amino acid identity in the coding region is 99.29% and 99.18%, respectively."

"Bu 179 gen için, ortalama nükleotit ve aminoasit benzerliği sırasıyla %99.29 ve %99.18'dir."

Bu ne demek oluyor peki?


Orjinalinden cümlenin tamamının çevirisini yapalım.

"By comparing the whole sequence with the human counterpart, chromosome 21, we found that 1.44% of the chromosome consists of single-base substitutions in addition to nearly 68,000 insertions or deletions."

Özetle; 21. kromozom karşılaştırması sonucu, 68000 baz silinmesi ve girimi yanında, kromozomun % 1.44'ünde de tek baz değişiklikleri bulunmuştur.

Şimdi neden acaba % 1.44 sayısı çeviriye alınmamış da 68000 sayısı alınmış sadece. Rakamın büyüklüğünden dolayı okuyucuyu yanıltmaya yönelik bir göz boyama olmasın?

Ayrıca, 68.000 çok büyük bir farklılık mı? İlk bakışta öyle gözüküyor belki. Peki, 21. kromozomun kaçta kaçına tekabül ediyor? 21. kromozom 34 milyon bazdan oluşuyor. Basit bir hesapla, % 0.2'lik bir farklılık!

Bir de bu çalışmayı (birbirine karşılık gelen kromozomların karşılaştırmasını) yapan bilim adamlarının referans listesinde kaynak olarak gösterdikleri, sizin de yazınızda ismini andığınız Fujiyamanın ve meslektaşlarının makalesine (Construction and Analysis of a Human-Chimpanzee Comparative Clone Map) bir göz atalım.

"Because chimpanzees are our closest relatives, the differences between us are less than with any other species, yet these differences are more likely to be important. It has been estimated that the sequence identity between human and chimpanzee is within the range of 98 to 99%"

"Şempanzeler bizlerin en yakın akrabaları olduklarından, farklılıklarımız diğer herhangi bir türden daha az olduğundan, bu farklılıklar daha önemli durmaktadır. İnsan ve Şempanze DNA dizilim benzerliğinin % 98 ile %99 arasında olduğu hesaplanmıştır."

Bir de referans alınmış olan Maynard V. Olson & Ajit Varki'nin "Sequencing the Chimpanzee Genome" makalesinin özet kısmındaki cümleye bakalım:

"Approximately 95% of the chimpanzee genome seems to align directly with corresponding regions of the human genome and within these aligned segments, sequence divergence is only 1.2%."

"...dizilim farklılığı sadece %1.2'dir."


Verecek, verebilecek cevabı olmayanlar böyle bir davranışta bulunurlar; bizim ise ne böyle bir niyetimiz ne de davranışımız vardır.

Comparative gene expression analysis
Using Affymetrix HG U95 arrays, we compared the gene expression profiles of HSA21q genes between humans and chimpanzees in two tissues: 202 genes in brain (cingulate cortex, HG U95Av2, B, C, D and E) and 96 genes in liver (HG U95Av2). We detected 60 genes expressed in brain (this study) and 40 in liver(41) in at least one species. Of these, 9 in the brain and 12 in the liver showed a significant change in expression level between humans and chimpanzees in the range of a 1.5−10-fold difference (Supplementary Table 7).

              HG U95 Affymetrik sıralamayla,insan ve şempanze arasındaki  HSA21q genlerinin özel gen profillrini iki dokuda karşılaştırdık: 202 gen beyinde(cingulate cortex, HG U95Av2, B, C, D and E)  ve 96 gen karaciğerde.(HG U95Av2) En az bir türde bulunan, beyinde özeleşmiş 60 geni ve karaciğerde özeleşmiş 40 geni  belirledik. Bunlardan, beyindeki 9'u ve karaciğerdeki 12'si, insan ve şempanze arasında 1.5-10 kat arasında değişen özel düzeyde önemli fark gösteriyor. (ek Tablo 7)


             
             

           Kaynak:http://www.nature.com/nature/journal/v429/n6990/full/nature02564.html#B3

Tablo için:http://www.nature.com/nature/journal/v429/n6990/suppinfo/nature02564.html

Şimdi izninizle "Genomic Divergences between Humans and Other Hominoids and the Effective Population Size of the Common Ancestor of Humans and Chimpanzees (İnsan ve Diğer Hominidler arasındaki Genomik farklılıklar ve ...)" başlıklı makalede yapılmış çalışmaları ve varılan sonuçları sizlerle paylaşmak istiyorum.

Makalenin özet kısmından:

"To study the genomic divergences among hominoids and to estimate the effective population size of the common ancestor of humans and chimpanzees, we selected 53 autosomal intergenic nonrepetitive DNA segments from the human genome and sequenced them in a human, a chimpanzee, a gorilla, and an orangutan. The average sequence divergence was only 1.24% ± 0.07% for the human-chimpanzee pair, 1.62% ± 0.08% for the human-gorilla pair, and 1.63% ± 0.08% for the chimpanzee-gorilla pair."

Özetle, İnsan ve Diğer Hominidler arasındaki Genomik farklılıkların saptanabilmesi için insan, şempanze, goril ve orangutandaki 53 otozomal (cinsiyetle ilgili olmayan) genler arası (intergenic) kendini tekrarlamayan (nonrepetitive) DNA parçalarını karşılaştırmışlar.

Ortalama dizi farklılığı insan ve şempanze için sadece %1.24 ± %0.07, insan ve goril için %1.62 ± %0.08, şempanze ve goril için %1.63 ± %0.08 oranında çıkmış.

“All of the 53 DNA segments studied were chosen to avoid coding regions. They were selected randomly, with reference to the Genome Channel.”

Rasgele seçilen 53 DNA segmentinde protein kodlayan kısımları olmamasına dikkat edilmiş. [Çünkü zaten protein kodlayan genler türler arasında yüksek oranda benzeşmektedirler.]

Ve varılan sonuçlar:


İnsan ve şempanze için farklılıklar her bir segment için %0 ile % 2.66 arasında değişmekte tüm 53 bölgenin ortalama farklılığı ise %1.24± 07.

İnsan ve Şempanze için (H-C): Tüm ortalama farklılık : %1.24±.07

İnsan ve Goril için         (H-G): Tüm ortalama farklılık : %1.62±.08

Şempanze ve Goril için  (C-G): Tüm ortalama farklılık : %1.63±.08

İnsan ve Orangutan için  (C-G): Tüm ortalama farklılık : %3.08±.11

http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?artid=1235277&rendertype=table&id=TB1


İnsan ve Şempanze, İnsan ve Goril, Şempanze ve Goril için ortalama farklılık sırasıyla %0.93, %1.23 ve %1.21.

http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?artid=1235277&rendertype=table&id=TB3


İnsan ve Şempanze, İnsan ve Goril, Şempanze ve Goril için ortalama farklılık sırasıyla %1.64, %1.87 ve %2.14.

http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?artid=1235277&rendertype=table&id=TB4

Tüm makale için : http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=11170892

Hoşça&Dostça&Bilgiyle&Sevgiyle kalın..

Lütfen yazılanları ve yazdıklarınızı dikkatli okuyun ondan sonra cevap yazın. Her satırınız buram buram hata ve konu dışına çıkma kokuyor (bir de tamamen ilgisiz bir yazımı eklemişsin :( ). Konumuz çevirideki saptırmalardı, bununla ilgili konuşuyoruz, farklı yerlere konuyu çekmeyin. Böyle iletilere de cevap yazma durumunda bırakmayın beni, lütfen.

En basitinden,

"%1.44 de 65000'in üzerine eklememiz gerktiğini mi söylüyor? Evet "de" ekiyle aynen öyle diyor."

Eklersek noluyor? 65000 baz farklılığının neye tekabül ettiğini hesap etmiştik (% 0.2) değil mi?

%1.44 + % 0.2 = % 1.64, ne değişti? Farklılık % 5, 10'lara mı çıktı, hayır.

Dediğim gibi diğer yazdıklarınızı da düşünerek yazın, sırf kabul etmeme uğruna cevap yazmaya çalışmayın. Gereksiz cevaplar yazmak istemiyorum.

Her şey gayet açık.

her ne kadar ben siteye girene kadar tartışma bitmiş, ama bir-iki şey de ben söyleyim:

1- Üslubunuzla ilgili. Ama onu sanırım siz anladınız.

2- Bir araştırmayı çarpıtarak nereye varacağınızı düşündünüz ki?

3-Hatırladığım kadarıyla, bir yerlerde bu dergiden alıntı yapanları, aklını kiraya vermekle suçluyordunuz.

Bu arada, gerçekten araştırmanın kendisini görmek faydalı oluyor bazen. İşte bunun için bilim dergisi önemli, yoksa çarpıtıyor kimileri araştırmaları...

4- Bir de şu tersten ispat yönteminizin doğruluğnda ısrarcı mısınız? Eğer hala aynı yöntemi savunuyorsanız, bir şey daha söyleyesim var da...