Pardon Raif; hitabın bana mıydı?

Eğer bana idiyse, kimseye tanrıya ya da başka bir şeye inanıyor diye hakaret etmem, etmedim de (attığım iletilerde böyle bir şey görEmezsin), ne seviyesizlik ne de saygısızlık yaparım, haddin aşıldığını, direkt cevap vermek yerine tartışmanın farklı mecralara çekilmeye çalışıldığını görürsem artık tartışmanın bir anlamı olmadığını görür ve buna göre hareket ederim.

Saygılarımla...

Evrim felsefe değil, kanıtlarıyla, mekanizmalarıyla bilimsel düşüncenin ürünü olan bir disiplindir.

Raif, fikir alışverişinde bulunmadan önce şunu belirtmek istiyorum. Lütfen konuyu farklı sorular sorarak, ilgisiz cümleler, kelimeler kullanarak dağıtmamaya, dallandırmamaya çalışalım ki tartışmamız kaliteli bir şekilde ilerlesin.

Evrimin bir çok kanıtından birisi de canlıların moleküler dizi analizi karşılaştırmalarının yapılarak ortak bir atadan ne kadar bir zamanda ayrıldıklarının belirlenmesidir.

Canlıların benzerliği, ortak bir dili (DNA) kullanmaları, birbirine yakın türlerin protein yapılarındaki aa dizilişlerinin ya da proteini kodlayan DNA dizilişinin diğer türlerle karşılaştırıldığında daha benzer olması bunların daha yakın bir zamanda bir ortak atadan evrildiklerini gösterir. Bununla ilgili olarak fikir edinmen için şu iletime bakabilirsin.

Ortak bir atadan evrimleşme bizlerin zannettiği gibi kısa bir süre içerisinde meydana gelmemekte. Bir türün alt türlerinin meydana gelmesi bile binlerce yıl almakta, 20, 30 yıldan bahsetmiyoruz. Milyonlarca yıllık süreçler insan havsalasının ötesinde bir periyot olduğu için bu süre içerisinde meydana gelebilecek değişiklikleri algılayamıyoruz. Farklılaşma ise genetik bilgide meydana gelen ve gelecek nesillere aktarılan mutasyonlarla meydana gelmektedir. Bu mutasyonların birikmesi de zamanla mesela bir proteinin farklı varyantlarına, daha ileriki bir safhada proteinin farklı bir işleve sahip olmasına neden olabilmektedir ki bu değişimlerin izleri moleküler dizi karşılaştırması yapılarak takip edilebilmektedir.

Şimdilik böyle kısa bir giriş yaptım. Diğer sorularınla ayrıntılamaya devam edebiliriz.

En basitinden allel genleri ya da genetik çeşitliliğe neden olan varyasyonları düşünebilirsin. Bunların her biri yararlı ya da nötr mutasyonlar sonucu meydana gelmiştir. Eğer bu evrimleştirici mutasyonlar olmasaydı bugün canlılık çeşitlenemeden yok olup giderdi.

Evrimde başı çeken yararlı ve nötr mutasyon sayısı sanıldığı kadar az değildir. Zararlı mutasyonların daha çok olduğunun zannedilmesi zararlı mutasyonun etkisini fenotipte direkt olarak göstermesindendir, yani çok kolay açığa çıkıyor ve hemen tanınıyorlar. Çünkü canlı ya yaşayamıyor, ölüyor ya da sakat bir şekile bürünüyor. Yararlı veya nötr mutasyonlar ise tanınmaları zor ve kendilerini direkt olarak hemen göstermeyebiliyorlar.

Bu konuyla ilgili olarak nötr mutasyonlar üzerine açmış olduğum şu başlıktaki iletilerime bakabilirsin.

Ayrıca bugün laboratuvarlarda yararlı mutasyon örnekleri üzerine yapılmış çalışmalar var.

Mesela, bakterilere naylonun yapısını bozabilecek, çürütebilecek enzimleri (nylonase enzymes) üretebilme yeteneği kazandırılmıştır (Prijambada et al. 1995). Stres altındaki maya hücrelerine ağır metallere karşı direnç geliştirmeleri sağlanmıştır. Bunlar sadece 2 örnek.

Yararlanabileceğin bir kaç örnek makale...

-Remold, S.K. & R.E. Lenski. 2001. Contribution of individual random mutations to genotype-by-environment interactions in Escherichia coli. PNAS 98 (20): 11388--11393

-Marco Sonderegger and Uwe Sauer Institute of Biotechnology, ETH Zürich, CH-8093 Zürich, Switzerland, Evolutionary Engineering of Saccharomyces cerevisiae for Anaerobic Growth on Xylose

-Susanna K. Remold and Richard E. Lenski. Contribution of individual random mutations to genotype-by-environment interactions in Escherichia coli

-Şeker,U.Ö.Ş., Akçe, H., Tamerler, C., Sauer, U., Çakar, Z.P. 2004. High levels of trehalose in multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae obtained by evolutionary engineering. PYFF 2 Meeting, Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 111, 24-28 Mart 2004, Anglet, Fransa.

- Evolutionary engineering of metal-binding/metal-resistant yeast for biomimetics (Devam etmekte olan bir çalışma)

Benzeri bir çok çalışmanın makalesini Pubmed'den bulabilirsiniz.

Mutasyon denilince hep DNA'yı tahrip eden oluşumlar olarak algılıyoruz. Mutasyon genomda meydana gelip de kalıtılan faydalı zararlı ya da etkisiz her türlü değişime denilir.

Mutasyona sebep olacak değişiklik ya bir tek nükleotit'in değişiminden, eklenmesinden ya da çıkarılmasından, ya bir kodonun eksilmesi eklenmesinden, daha büyük ölçekte transpozon denilen hareketli genler aracılığıyla meydana gelmektedir (saydıklarım sadece bir kaç tane nedeni).

Meydana gelen değişimlerin kimi hiç bir olumlu ya da olumsuz etkiye neden olmuyor. Yazdığımız bir cümledeki bi harfin çıkartıldığını düşünelim. "Bir"'den "bi" ye dönüştü kelimemiz; ama bizler hala cümleyi anlayabiliyoruz değil mi? Ya da "bir" kelimesini çıkaralım cümlemiz gene de anlaşılır. Bunlara nötr=etkisiz mutasyonlar diyoruz (Protein yapısında olumsuz ya da olumlu etki yapmayan mutasyonlar).

Gelelim yararlı mutasyon örneklerine...

Şimdi iki tane uç örnek vererek konuyu anlatmaya çalışayım:

Birinci örneğimiz Rupelli akbabaları... (Bu örneği Genbilim forumun eski versiyonunda vermiştim, aynen aktarıyorum.)

Şimdiye kadar kaydedilmiş en yüksek kuş uçuşu 11.300 metre (bu yükseklikte oksijen basıncı deniz seviyesindekinin %25’ i kadardır) yükseklikteyken bir jet uçağına çarpan bu kuşa ait. Bu yükseklik, Everest Tepesi’ nin yüksekliğinden 2000 metre daha yüksektir. Yükseklik arttıkça oksijen yoğunluğunun hızla azalmasına bağlı olarak yüksekte uçan kuşlar oksijen bakımından, alçakta uçan akrabalarından bütünüyle farklı bir ortamda yaşarlar.

Rupelli akbabasının daha alçaklarda yaşayan akrabası olan beyaz başlı akbabanın hemoglobinleri karşılaştırıldığında Rüppell akbabasındaki molekülün diğerine nazaran üç amino asiti farklı olarak içerdiği belirlenmiş. Fakat bu üç değişiklikten sadece birinin (38. sırada bulunan prolin yerine glutamin amino asidi geçmiş) Rüppell akbabasının düşük oksijen baskısına uyumunda etkili olduğu saptanmış çünkü, bu sayede hemoglobin molekülünün oksijen bağlama kapasitesi oldukça artmaktadır.

Yani canlının genetik materyalinde meydana gelmiş bir değişiklik, hemoglobin molekülünde mutasyon sonucu birkaç amino asitlik değişime neden olmuş ve bir akbaba türünün çok olağan dışı bir yaşam koşuluna uyumunda yeterli olabilmiştir.

İkinci örneğim Naylonu çürüten (yiyen) enzimler üreten (nylonase enzyme) Flavobacterium...

Alttaki resimde (Resim belirtilen kaynaktaki makaleden yararlanılarak hazırlanmıştır (1)) Flavobacterium'un sahip olduğu 400 aa'lık eski bir enzimi kodlayan baz diziliminde Arginine ve Glutamik Asit'i kodlayan CGA ve GAA kodonların arasına giren bir tek T nükleotinin sebebiyet verdiği değişiklikle yepyeni bir enzimi (Nylonase) kodlayan yeni bir baz dizilimi görülüyor.

T nükleotitinin arayan girmesi yeni bir proteinin sentezlenmesini başlatıyor. Oluşan ATG kodonu Methionin aa'sını yani proteinlerdeki başlangıç aminoasitini kodlayan kodona dönüşmüş.

Eski dizilimin kodladığı Arginine, Glutamic Acid, Arginine, Threonine, Phenylalanine, Histidine, Arginine ve Proline aa sırası bir tek T bazının araya girmesiyle tamamen değişmiş ve sırasıyla Asparagine, Alanine, Arginine, Serine, Threonine, Glycine ve Glutamine sırasına dönüşmüştür.


Bu iki uç örnekte görüldüğü gibi meydana gelen değişiklikler ille de yıkıcı olmak zorunda değildirler.

1- S. Ohno, Birth of an unique enzyme from an alternative reading frame of the preexisted, internally repetitious coding sequence (Var olan dizilimin alternatif okunumundan yeni bir enzimin doğuşu).

Kısaca yanıtlayayım.

Mutasyona neden olan bir çok neden var, bunlara birçok kaynaktan ulaşabilirsiniz, burada anlatma gereği duymuyorum şu an. Fikir vermesi açısından mesela DNA'nın kendi eşlemesi sırasında meydana gelen yanlış kodlamaları düşünebilirsin (DNA tamir mekanizması her zaman hataları düzeltemeyebiliyor).

Nötr ya da yararlı oluşum olma olasılığı canlıdan canlıya değişir. Ama genelde nötr mutasyonların sıklığı en fazla. Zararlı ve faydalı mutasyonların frekansı ise en az. Genetik yapıda çok büyük bir değişikliğin meydana gelmesi (ki bu da genelde olumsuz sonuçlar doğurur) nadirdir.

Virüslerde mutasyon sıklığı kabaca her bölünmede 0.1 ila 1 arası, mikroplarda bölünme başına 0.003'tür (Yani her 1000 bölünmede 3 hata). İnsan eşey hücrelerinde bölünme çok fazla olduğu için bu oran jenerasyon başına 1.6'dır. Nötr mutasyonları işin içine katarsak bu oran daha da fazlalaşır.


Hayır, bu Lamarkçı bir yaklaşım ki yanlıştır. Yani şartlar değiştiği için canlı da morfolojisini değiştirmiyor ya da yeni bir işlev kazanmıyor. Canlıların kendilerinin istediği, bilinçli bir davranış yok ortada, kendileri bir şeyler olmaya, belirli özellikler kazanmaya çalışmıyorlar; yaşam, uyum sağlayamayanı öldürerek genlerin dolayısıyla fenotiplerin seçiciliğini yapıyor.

Dikkat edelim; Ruppeli akbabası daha yüksek bölgelerde uçmaya başladığı için genetiğinde değişim meydana gelmedi, genetiğinde değişiklik meydana geldği için yükseklerde uçabilmeye başladı.

Ne yazık ki Raif, bahsettiğin gibi bir şeyin ne yazık ki bilimde şu an yeri yok. Yani yanlış bir savdan hareket ederek soru soruyorsun; ama böyle bir şey yok. Önceki iletimde söylediğim gibi; bu Lamarkçı bir yaklaşım ki yanlıştır. Yani şartlar değiştiği için canlı da morfolojisini değiştirmiyor ya da yeni bir işlev kazanmıyor. Canlıların kendilerinin istediği, bilinçli bir davranış yok ortada, kendileri bir şeyler olmaya, belirli özellikler kazanmaya çalışmıyorlar; yaşam, uyum sağlayamayanı öldürerek genlerin dolayısıyla fenotiplerin seçiciliğini yapıyor.

Irkların, farkları renklerin oluşması doğal seçilimdir.

Tamam, ne demek istediğini şimdi daha iyi anladım.

Şöyle söyleyeyim. Evet, dediğin doğru mutasyonlar çevre şartlarının değişmesiyle oluşabilir; fakat yanlış bir örnek vermişsin gene de.

Sıcakta yaşayan birisinin soğuk bir bölgeye gitmesiyle bu kişinin vücudu tepki verir; bu uyumdur; ama bu kişi evrimleşmez ya da zencileşmeye başlamaz.

Mekanizmayı anlatabilmek için ırklar örneğimizden gidelim.

Farklı tonlarda açık tenli insan populasyonunu sıcak bir bölgeye götürdüğümüzde yüzlerce yıl sonra buraya yerleşen bu populasyonun esmerleştiği görülür; ama burada güneş beyaz tenlileri ve onların genlerini etkilediğinden onları siyaha dönüştürmüyor. Bunun için yaklaşımın Lamarkçı bir bakış açısıdır ve terk edilmiştir dedim.

Peki ne oluyor? Esmer tenlilik açık tenliliğe göre sıcak bölgelere daha uygun, uyumlu olduğundan açık tenlilik geni nesiller sonra populasyondan kaybolmaya başlar ve yerini esmer tenliliğe bırakır ve populasyonumuz esmerlerden oluşur.